崇祯二年（1629年）袁崇焕与内阁辅臣钱龙锡谈到平辽事宜时，提及其欲诛杀毛文龙
由于毛文龙部仅占用明朝少量兵饷，却总是给与后金大量伤亡，反观东林党支持的关宁军
，一年花用20余倍于东江镇,不仅无法主动出击，连后金攻击所谓关宁锦防线中的任一城
池时，其他城池只能闭门自守。因此东林党人工科给事中潘士闻、尚宝卿董茂忠上书弹
劾请撤毛文龙(东林党支持的关宁军不仅无战功还弹劾请撤毛文龙)
兵部商议时，袁崇焕提议派遣官员至皮岛管理兵饷核查银钱帐用，而遭到毛文龙抵制，
因此招致袁崇焕不悦[125]。
崇祯二年一月，袁崇焕要求东江镇的粮食必须由他来发送，并断绝东江镇的补给，并禁
止商船卖粮食给东江镇，饿死东江镇10余万人
并在同时卖粮食给投降后金的蒙古朵颜束不的部，让后金得到大量粮食并进攻缺乏粮
食的东江镇。逼迫毛文龙与他谈判(饿死东江镇10余万人只为逼迫毛文龙与他谈判)
袁崇焕下狱后崇祯三年（1630年），经过半年多的审判，袁崇焕仍被以“通虏谋叛”
、“擅主和议”、“专戮大帅”的罪名遭判凌迟,也就是说袁崇焕是经过审判才被
遭判凌迟,此时已是魏忠贤就戮,也就是斩杀袁崇焕是东林党的判决而非崇祯个人
之意.袁崇焕以尚方剑斩杀毛文龙后怕毛文龙的部下兵变，先祭拜了毛文龙的尸首
又拿出十万两白银，分赠毛文龙下属，并把原毛部分为四份分由毛承禄、徐敷奏、
刘兴祚与陈继盛率领[100]。
指责毛文龙不能收复失土，袁崇焕本人也不能复辽东寸土，总而言之，完全就是欲加
之罪，何患无辞
当时，崇祯帝对于袁崇焕以尚方宝剑杀死毛文龙，是非常不满的
袁崇焕矫诏杀将，有大不敬之责
毛文龙死后，辽民对其怀念不已，“铁山、皮岛俱祠祀公[104]”，明朝金州卫地区也
有毛文龙墓留存，位于今大连市甘井子区大连湾镇苏家村的山坡上