事实经过：
去年3月份在一间台湾在大陆开的公司开始
工作
公司有帮我保劳健保所以适用于劳基法
跟公司签了五年的合约
没有合约金只有续约金
在这期间内离职的话就要赔偿任职期间所有所得的一半
也就是每个月去掉一半的薪资
目前在中国常驻有一年多了
因跟公司主管个性不合及父亲在台湾生病
需要有人去照顾
所以确定请辞回台湾去照顾父亲
在公司任职的期间内加班没有加班费
及工作时间已超过劳基法的规定
两个礼拜总工作时数157小时
还有连续7天都在工作都没有一天休息
我还必须配合轮大夜班 (签合约时没告知)
这些超时的工作我都有保存打卡纪录
加班费是我离职后才愿意付给我
目前跟公司沟通从原先违约金40万降至20万但这金额对我来说还是很高
原本我想各退一步我出5万这样
但对方不太能接受
后来我寄存证信函给公司说明公司已违反劳基法，聘约书无效
最后公司寄给我存证信函要我五天内要付40万违约金不然要依法提出追诉...
因自己从来没被别人告过所以自己还蛮怕的
问题：
1. 请问这种合约书已违反劳基法还算有效吗？
2. 请问下一部我该怎么做?
先感谢各位帮 小弟/小妹 解惑或提出建议，如内容尚有不足，盼请提出需补充之处。