新手初接触刑诉法，惟有程序问题想请教各位先进、前辈。
近日阅读有关自诉章节，有关101台上2404号判决的程序进行有些疑问。
判决内容如图（避免文字暂去阅读空间）：https://ibb.co/vcmWxNw
简单来说，该判决认为，同一案件经检方起诉后，纵使有部分之犯罪原得自诉，但因为另一部系不得自诉（已进入侦察，且为非告诉乃论之罪）之重罪，应类推同法第319条第三项但书之法理，一并不得自诉。
但依晚学浅薄的理解，起诉案件是否为“同一案件”应是由法院或上级审来认定，纵使检方在起诉的时候，自己认定是“同一案件”的情况，对法院或上级审来说也只是参考。
然而如果法院审理尚未认定两部分的犯罪事实是否属于“同一案件”的话，其中一部的自诉应该不能被直接认为是不符合自诉程序才对。
而必须等到法院审理到一定阶段后，才能够认定该自诉合不合法。
这样看可能有点黑人问号，因此举的97年司律的考古题为例：
甲因故一棒同时殴伤乙、丙二人，嗣丙因伤重致死，检察官相验后签分侦办，乙(非律师)知悉上情后，速向法院自诉甲犯伤害罪嫌，法院应如何处理？（先不论乙为委任律师为自诉代理人一事）
根据各家解认为，甲对丙因伤重致死属于非告诉乃论，且为较重之罪，又已签分侦办，根据刑诉第323条已不得自诉。
不过，甲对乙的伤害属于告诉乃论，原则上该罪得以自诉，但因为同一案件之丙的伤害致死属于不得自诉者，因此实务上认为必须类推同法第319条第三项但书。
而晚学想请教的事，在实际操作上，法院如果还没审理到或还没开始认为“甲棒击乙、丙”系法律上一罪（想像竞合）之情况，那在这之前，乙的自诉程序基本上应该没有不合法的问题（？），而且也会同时进行，直到公诉法院认为该案有想像竞合适用，乙的自诉才会被认为是不合法才对不是吗？那如果法院最后认为是两罪的话，那乙的自诉是否就是合法的？
基此延伸另一个问题，这样的话是否会造成司法资源的消耗，因为公诉跟自诉程序在还没被认定为法律上一罪的情况下都在进行中，到最后自诉有可能合法，也可能不合法。
以上请教各位先进、前辈。
盼请予解惑。