要看哪句。如果then后面是动词，就不要在then前加逗点。
不过有个例外，就是祈使句，像Mix...那句是可以加逗点的。
看以下的句子会比较清楚：
He prepares the dough and then lets it sit for 3 hours. 这个可以
He prepares the dough, and then lets it sit for 3 hours. 这个不行
以上参考～～～～
※ 引述《scju (QQ)》之铭言：
: : (*) Mix the flour and butter, then add the eggs.
: : 改法之一是Mix the flour and butter and then add the eggs.
: : (*) Start off early, then you won’t have to rush.
: : 改法之一是Start off early and then you won't have to rush.
: : (*) He drank a glass of whisky, then another and then another.
: : 改法之一是He drank a glass of whisky

你如果想问原因，那就是第二句后面的句子就没了主词。但很妙的的是，唸起来，听的人绝对不会说第2句有问题。

所以要在两个独立子句时候，中间连接词前面才能加逗号囉？另外，我觉得前一篇的四个句子，每一句都是祈使句...

进一步说明，如果and两边是连贯2个祈使句，那可以加逗点。如果只有一边，就不行。重点在于：两边如果共用主词就绝不可加逗点。2边共主词时，主词一定出现在前面的句子，如在and前加逗点，那后面的动词就会没有主词。