一时有感而发写篇短文。
爬文找到的日本方面研究文章截图引作开头
http://imgur.com/c23hkpT
http://imgur.com/yqdt0m8
大意:
1.日本统治时期台湾在后藤新平的“旧惯温存”政策下，对既有宗教与庙宇并无太多压迫。
　这政策持续接近40年。　
2.但统治后期包含台湾人知识分子在内，都有认为这些既有宗教包含太多迷信，
　是愚民政策，影响台湾近代化的意见出现。
3.昭和11年(1936年)中日战争开始后，在保守势力日益高涨局势下，台湾总督府开始了
　打破迷信的政策，开始压制宗教信仰自由，推行皇民化的时期。
4.但很快这件事被欧美用作抨击日本的宣传材料，于是在昭和16年(1941年)这个政策
　就被终止了。
照此说法日本总督府打压台湾传统宗教信仰的实质行动才5年前后，
加上之后日本很快战败，台湾今日依然到处是宫庙的文化，应该也是一脉相承，
并非战后才突然冒出来。
日本国家神道有部分移入台湾盖神社这事实众所皆知，但信徒主体还是日本移民。
这应该没太多争议。
至于日本宗教信仰的另一个主体，日本佛教在台湾的传播与影响，研究则少得多。
我也找不太到，但应该是对台湾佛教发展有帮助。
屏东恒春由台日共同建立纪念太平洋战争时期巴士海峡沉船死者的潮音寺
也是佛教寺庙。
另一方面要谈到，在日本，佛教跟神道本来已经形成所谓“神佛合一”，
神社跟寺庙一体化，宫庙的主神既是神也是佛，很难分开。
打个比方，大体来说常用的解释类似英国奶茶(外来佛)来到
台湾变身成珍珠奶茶(本土神)。
这种状态若硬要斩断奶茶起源部分说珍珠奶茶是100%纯正台湾饮料就有困难。
但在明治维新后，部分神道势力跟政府结合，
创造新的国家神道体系，试图将佛教从神道信仰当中分离，并建立由国家
主导的分级神社制度，然后因为地方政府对此政策解释过头，才有明治
初期的“废佛毁释”运动。对日本在地佛教文化与遗产造成很大伤害。
不过日本佛教毕竟发展已久，在国家神道盛行的条件下仍然保有很大的实力。
近年由于很多古老神社寺庙硬要搞神佛分离则多年传统很难解释，现代日本
也逐渐出现试图摆脱国家神道后继组织神社本厅控制，逐渐重新回到神佛合一信仰的
迹象。
现代日本也有一个地方没有受到神佛分离太大影响。就是冲绳县。
冲绳除有琉球传统信仰外，也有自日本移入的神佛合一的寺庙兼神社。
这些宫庙并没有受到本土废佛毁释运动的影响，信仰体系得以保有原始面貌。
(但岛屿南部战区大多数古蹟都在战争时期被烧掉)
对老冲绳人来说是寺庙的部分为主体，来自日本本土的移民跟保守势力才倾向当成神社
在参拜。蛮复杂的。
对日本宗教史有兴趣的人或许可以去冲绳看看原本的神佛合一是怎么一回事。
为什么要提冲绳，是要提醒，日本国家神道在日本本土以外的发展比较有限。
反而是佛教比较超越海洋。
至于回到台湾宫庙，全部搅在一起拜也并不稀奇，去寺庙搞不清楚自己
在拜的神是哪边来的，在台湾也不是稀奇事。
荷兰公主跟日本兵也有变台湾神明的。
http://weng3309.pixnet.net/blog/post/334907528
台湾宫庙奉祀的异国神明
这种文化在日本时代应该没有受到太多压迫，否则各种宫庙应该会少得多。

日本佛教跟台湾或中国传统佛教是不一样的类型，不是都有拜观音就能划成一类，再说台湾的民间信仰大多不是纯粹佛或道教。且皇民化时期是叫寺庙整理运动，之前的名目是用都更、市区改正

佛教有跨国性质 起源不同但最终混在一起拜一起发展是有可能的

混在一起拜一起发展当然是有可能的，不过如何混在一起或发展的方式才是讨论的点吧...

家乡的(医师女儿)欧巴桑上周说了过年参拜神社的往事...昭和8年出生的，她说的跟今日本拜神社的流程都一样，只是她不知道是拜什么"神"，因为一般都没有具体形象。或可说日本统治者很挑，被唤去拜神社的是特定阶层人士我外公"青瞑牛"(其实也不算，有念过公学校)阶层，就完全保留闽南土生汉人的习俗，没有拜神社的体验。

你说的包括正听改正、寺庙整理部分，不过神社这问题也很难说，有些人就有纪录被强迫去参拜的经验

台湾以前主流是斋教，各地有不少菜堂。佛教的出家人很多也是从斋教出身的。西来庵事件后，日本派佛教僧人管理，用在各地说法的方式让这些佛道不分的信仰转变成纯佛教修行。德川幕府时代，的檀家制度，寺请制度，本末制度。明治维新的废佛毁释与国家神道。西来庵事件前后台湾佛教的动向 释慧严 著台湾佛教日据时期的发展 游芬芳

日本本土对宗教打压历史倒是有的,二战前还在打邪教,好像是公明党的前身那什么莲正宗的.不过台湾情况不同,别把他国内那套联想到台湾来.有就有,没有就没有.台湾宫庙自古以来都一样,不是近世才泛滥的.小宫庙香火鼎盛,他就摇身一变成为正派,晚上不再起乩喧闹.说难听的,大庙祭神,小庙拜鬼罢了.

如果说在台湾的佛教算有点生存空间，基督教一样没逃过压迫，更何况源自中国的道教和原住民的泛灵信仰

在台湾本土信仰,原来佛祖观音等佛教神祇是寄生于道教型态的庙宇如妈祖,或代天府等大庙里.直到1949年后大量中国僧人来台建立四大山门,才演变出今天中土佛教在台盛况.而基督教如本土的长老教会,早就生根了.倒没听说有迫害之事.

南瀛佛教会应该是早于1949年，还有你说的基督教如本土的长老教会总不会幸免于皇民化运动吧？http://www.laijohn.com/PCT/hist/J/1931-1945/0/Liau,Ahui.htm ，长老教会自己的网站也说了

台湾民间信仰观念很多也是从福建带来的。像台湾常见的师公奉行的闾山派，就是福建地区的道教派别闾山派融合了道教正一道、佛教净土宗等理念，发展成佛道融合的体系