大家好，敝人因为离职面临公司追讨培训违约金，
想在此询问广大乡民们的意见：
还请各位提供意见与看法，谢谢！
事实经过：
105年9月，考取某国立科大产业硕士专班。
106年2月，与媒合厂商签立1.劳动契约 2.产业硕士培训合约书
*劳动契约时间：106年2月20起起雇用为不定期契约员工
*产业硕士专班培训合约书：仅备注培训期为106年2月1日至108年1月31止
劳动契约
https://imgur.com/a/yV97Tcb
产硕合约
https://imgur.com/a/QVjkqnD
https://imgur.com/a/CyxIado
106年2月，入职并入学
106年7月，公司迟发薪资(财务状况出问题)
106年10月，从专案研发人员(契约内)因公司人手不足而派任其余部门之业务(一人部门)
107年5月17日，存款不足情事，停止透过创柜板之筹资资格
107年6月，公司迟发薪资(财务状况出问题)
108年1月，取得毕业证书
108年2月，公司调薪，但未有正式内部公告转正以及任何谈及合约或续约之行为
108年11月22日，口头请辞获准，负责人口头允诺妥善交接则无需究责产硕合约
108年12月13日，改口要照合约走，口头讲定金额赔偿$196,838
108年12月13日，当晚8点，财务副总以赖私讯说算错了，应为$253,078
108年12月16日，收到赔偿合约书(尚未签字)
赔偿协议书
https://imgur.com/a/HRtpcoL
问题：
1. 公司以我为部门主管(但无实权)理由拒发加班费。任职期间也都无核发加班费。
但公司加班制度并不明确。财务副总也口头告知，公司并无违法，
并可以我下班逗留公司为由反告我。在此情况下，若执行劳资协商，是否有帮助?
2. 学校招生简章内，公司为一百人公司，组织有三位博士十二位硕士。但并非如此，
现今内部仅剩余不到25人(包含七位移工)。是否有违反合约的可能?
3. 工作契约内容与实际不符。合约内我是专案工程师，不仅被调动职位，
服务的单位也不同。(老板有说明，这是要让我学习为由，公司并无不法)
4. 公司遇缺不补，人力严重不足。
5. 培训合约书时间为106/2/1~108/1/31。
2/1后并未针对合约第五条而确认是否延续合约。
也未提供正式聘书与确认工作职务。
是否可以以此主张合约不成立?
先感谢各位帮 小妹 解惑或提出建议，如内容尚有不足，盼请提出需补充之处。
不论是否要走劳资协商或者上法院，也是给自己一个教训。
再次感谢各位，不论任何意见，还请赐教。