事实经过：
舍妹于105/1/1~105/8/31于某公司担任财务秘书，管理各种杂费及管理费，
离职后，近日前公司发存证信函说明舍妹作帐不清，讨要短少的费用。
问题：
(1) 该公司在舍妹离职后才发函来清查，离职时也做过交接和清点，
当时清点都没错，为何现在才有问题？
(2)询问舍妹，她说她绝对没有拿，也认为对方没有任何证据，
不论是什么原因发现短少，先赖在已离职的人身上。
第一封对方寄来的存证信函
http://imgur.com/BlVkqZn
舍妹回复对方的存证信函
http://imgur.com/LxrJcss
第二封对方寄来的存证信函
http://imgur.com/M2qChlm
我认为既然没有拿，对方爱寄信就给他寄，
只是舍妹心情受到影响，觉得没有拿为何要被诬赖，
我安慰她不须理会，那么还要回复第二封存证信函吗？
先感谢各位帮 小妹 解惑或提出建议，如内容尚有不足，盼请提出需补充之处。