先简答：
一、法律有规定可以强制（行政）检查者，可以。
消防法第37条规定
违反第六条第一项消防安全设备、第四项住宅用火灾警报器设置、维护之
规定或第十一条第一项防焰物品使用之规定，经通知限期改善，逾期不改
善或复查不合规定者，处其管理权人新台币六千元以上三万元以下罚锾；
经处罚锾后仍不改善者，得连续处罚，并得予以三十日以下之停业或停止
其使用之处分。
规避、妨碍或拒绝第六条第二项之检查、复查者，处新台币三千元以上一
万五千元以下罚锾，并按次处罚及强制执行检查、复查。
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二、法律仅规定不配合检查者处罚缓，则不可以。
工厂管理辅导法第31条规定
工厂有下列情形之一者，主管机关应令其限期改善、补办或申报，届期不
改善、补办或申报者，处工厂负责人新台币一万元以上五万元以下罚锾；
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仍不遵行者，得按次连续处罚：
五、违反第十八条第一项规定，未申报或提供有关资料，或规避、妨碍、拒绝调查。
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六、违反第十八条第三项规定，未依期限提出申报，或规避、妨碍、拒绝调查。
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请参考：法务部99年1月12日法律字第0980046943号函
要 旨：
关于主管机关对于民宿经营者之经营管理及营业设施得实施检查，且民宿
经营者对于主管机关之检查负有容忍之义务，惟对于拒绝主管机关检查者
，主管机关仅得以相关规定处以罚锾，并未有“强制检查”之规定，因此
，主管机关于民宿经营者拒绝检查时，尚不得迳以发展观光条例之规定强
制实施检查之
主 旨：有关主管机关得否进入民宿经营者自称系自用房间，实施检查乙案，本部
意见如说明二至四，请 查照参考。
说 明：一、复 贵局 98 年 11 月 2 日观宾字第 0980600431 号函。
二、按行政程序法第 1 章第 6 节调查事实及证据之规定，乃系针对行
政机关调查事实及证据之方法、程序及法则所为之重要性原则规定，
并未课予当事人配合调查之协力“义务”，故当事人未配合调查时，
行政机关不得依上开规定实施强制调查，而须有其他法律依据，始得
为之（参廖义男，“从行政法制之发展论行政调查立法规范之原则”
乙文，行政院法规委员会 95 年 7 月编印“行政调查制度之研讨”
，第 13 页；林锡尧著，行政法要义 95 年 9 月 3 版，第 497
页；本部 98 年 11 月 16 日法律字第 0980044879 号函）。
三、次按发展观光条例第 37 条及第 54 条第 3 项规定：“主管机关对
观光旅馆业、旅馆业、旅行业、观光游乐业或民宿经营者之‘经营管
理、营业设施’，得实施定期或不定期检查。观光旅馆业、旅馆业、
旅行业、观光游乐业或民宿经营者不得规避、妨碍或拒绝前项检查，
并应提供必要之协助。”“观光旅馆业、旅馆业、旅行业、观光游乐
业或民宿经营者，规避、妨碍或拒绝主管机关依第 37 条第 1 项规
定检查者，处新台币 3 万元以上 15 万元以下罚锾，并得按次连续
处罚。”上开规定明定主管机关对于民宿经营者之经营管理、营业设
施，得实施检查，且民宿经营者对于主管机关之检查负有容忍义务（
参陈敏著，行政法总论 96 年 10 月 5 版，第 792、859 页）。惟
对于拒绝主管机关检查者，仅规定得处以罚锾，并未有“强制检查”
之规定（法定强制检查者如消防法第 37 条第 2 项、畜牧法第 31
条第 2 项等规定），故主管机关于民宿经营者拒绝检查时，尚不得
迳以上开规定强制实施检查。
※ 引述《saltlake (SaltLake)》之铭言：
: 标题: [问题] 主管机关的工厂查核
: 时间: Thu Sep 11 21:37:18 2014
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: 现在的食品跟之前塑化剂的药品和医疗器材工厂
:
: 食药署都可以依药事法去查核工厂是否合于
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: 优良制造的规定
:
: 但是实际执行上如果业者就是不让查核人员进工厂
:
: 例如常见于新闻的拉上铁门等
:
: 查核人员能够强行进入吗? 还是只能开单处罚?
如前述
: 如果查核人员进入工厂查核
:
: 可以扣押比如可疑原物料进货和产品出货的纸本或电子纪录?
行政罚法可扣留得没入或可为证据之物
:
: 如果遇到厂方人员失控言行又有何法令规范查核人员的应对?
刑法妨碍公务
:
: 例如说厂方人对查核人产生推挤甚至殴打动作?
还是刑法妨碍公务
:
: 有专门的法令规范查核人员对查核的执行吗?
行政罚法、行政程序法是总则性规范，其余看专业法规
也就是环保看环保法规、卫生看卫生、工厂看工厂的法规
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: (据说美国食药局的查厂人可以配枪....)
美国跟台湾情况不一样，美国人民可以合法拥有枪支
更何况，执法人员配枪不代表可以进入搜索
这是两个不同层次问题
一个是执法人员的安全
一个是执法人员的权限
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: 还是说一定要会同检警共同查核?
检察官、警察也是必须依据刑事诉讼法，原则要有票搜索、例外才无搜索票
换个角度想，检警权利越大
或行政官员行政检查权利越大
侵害人民权利的机会也越大，难保行政人员不会依据建筑法就冲到你家执行检查
还跟你说，这不是搜索，不用搜索票
然后行政机关每个月都来，只因为你与人结怨，有人每天写市长信箱、打1999
公权力越大，不一定比较好，这是价值判断
不要因为个案扩大或缩小，执法人员权限
监听就是最好的例子
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