去年买了这栋房子就委托给建商做老屋翻新，有增建后院和二楼前面，建商没说要申请建照所以也没申请，家附近所有房子都是违建盖到满，所以我们一样是扩建后面（没盖到满）
在施工的过程和隔壁邻居有纠纷，因为共同拥有一片墙壁在拆除时有些问题，房子又老旧。
总之邻居说他家漏水，
我们一直都很有诚意处理，他电话打来我们也是一直道歉和安抚，承诺该是我们责任绝不逃避，毕竟邻居之间不想闹的不愉快，
谁知道他越来越夸张，打电话频率越来越高，态度越来越差，要求我们一定要怎样怎样，总之都得照他的方式走就对了
有一次凌晨一点打电话来家里骚扰，讲的都是一样的东西，说若不处理到让他满意就要检举我们（他自己违建的比我们夸张，但我们是增建中，比较吃亏）
我们也都是一直好声好气的，不知道是不是这样他看我们好欺负开始狮子大开口，说我们施工弄坏了他哪里哪里、还要求我们要赔他一间和室和床垫，（漏水明明就没很严重）这样条件我们无法接受，
建商也有去看过，拍照，厘清责任，
邻居直接说不接受建商修复，反正就是要钱就对了，
现在他去检举我们违建（收到违建认定单）、调解委员会
在这之前我们就有预感他会这么做，所以已经委托建筑师申请建照（还没申请到），但这张单子是认定我们“实质违建”，不能补照，
我不知道是怎么认定的，因为算了算是没有超过可建筑的部分，我们只差在没建照这件事
我想请问，
1.
因为已经被认定实质违建，这样还可以申请诉愿吗？
2.
被检举违建这段时间到补照成功是不是都不能动工？（包括原本没增建部分）
这几天工人去都被他挡，说叫警察来也没有用！
3.
和邻居的纠纷
因为他要求的金额一定是我们不能接受的，所以调解可能没有用，若走法院，是由政府提供第三方公正鉴定来判要付多少钱吗？还是只要恢复毁损部分即可？
4.
我也去检举他的违建，只是还没收到回复，不知道还有什么方式可以处理？
谢谢大家耐心看完