※ 引述《saltlake (SaltLake)》之铭言：
: 请问明清后期，朝廷对于军队有怎样的掌控力?
: 明朝立国之初的卫所军制败坏后，代之以朝廷准许官员与将领
: 募兵，例如中期戚继光的戚家军。对于这种军队，朝廷有怎样的
: 掌控力? 比方说，戚继光还掌兵权的时候，朝廷能在戚家军内安
: 插朝廷的将校吗? 后来张居正过身被清算，戚继光被牵连去职，
: 戚家军归谁指挥? 到了明末，袁崇焕督师蓟辽的时候，向朝廷申
: 请到经费组建关宁铁骑等军队，朝廷对它们的掌控力又如何?
嗯，其实你把卫所与募兵看成不相容的体系，这个理解就
是脱离史料后常见的误解。
明代的史料里你是查不到戚家军这个词的。
卫所作为一种兵制，其实是户籍体系的一环，根据户籍来
决定齐民上缴的赋税，一般民户是农民，交农产品，匠户轮班
上工替政府制作手工产品，灶户制盐，女户交出女儿到后宫，
猎户上缴翎毛角筋(弓箭的原料)等等等等。由卫所管辖的军户
基于同样原理提供士兵与低阶军官。高阶军官(官户)则由五军
都督府管辖。
你注意，无论你掌什么样的兵权，作为武官你一定有百户
、千户、指挥使、都指挥使等官衔，归五军都督府管辖。作为
文官也是一样要有文官官衔。同理，并不是你指挥的军兵不归
卫所管辖就是你的私兵；户籍由卫所管辖称为“军”，户籍由
县州府管辖称为“兵”，这个区别文献里是很清楚的。所谓募
兵的“兵”其实就是由民户提供士兵而已，不代表朝廷管不到
你。
(由于募兵待遇较好，卫所军有时候会假冒应募，一般如果
查到会将其踢出去)
所以说史料里头你不会看到戚家军这个词。朝廷有没有实
际管理能力是一回事，但理论上朝廷命官的合法性你不可能没
有。戚继光的军队里头其实只有武官是已受封卫所军衔的官户
、或者没有卫所军衔属于民籍这样的区分，没有什么在其中安
插朝廷军官的问题。
至于募来的兵会有何下场，一般不是继续当兵就是解散回
归民籍本分务农，如此而已。
下面这篇写得比较粗糙，将就看看：
https://cimonnomis.blogspot.com/2016/05/blog-post_50.html
: 清朝以八旗精锐搭配汉人绿营立国后，对于旗兵也是规定应世
: 袭专职为朝廷贡献军力，并且在全国各要地设立满城。但是这两
: 种军队战力也是日渐弱化，导致朝廷后来必要许各地官员招募的
: 乡勇为主力军队对抗太平天国与捻匪等叛乱。乱平之后，部分勇
: 军被解散还乡为民，但部分精锐则保留为常备军，即所谓的练军
: 。但这些也对抗不了洋人的侵略军，于是又有所谓仿西法编制的
: 新军(后来的北洋军一类的)。
: 那么朝廷对于前所谓练军和新军，掌控力又如何?