居住在平地的生蕃被称为平埔族或熟蕃，其居住的村落被称为社，像荷兰人所在的台江，就是西拉雅平埔族久居之地，上面有大大小小数十个社，其中最大的四个社为新港社、萧垄社、麻豆社、目加溜湾社。
荷兰人对平埔族采用武力与教化两面手法，对不规顺者以武力镇压，规顺者则施以教化，像最早与荷兰人结盟的就是新港社，对于反抗的麻豆社，荷兰人则派兵镇压。1635年大员派兵475人加2000新港社战士对麻豆社进行讨伐，第一天麻豆社就损失260人，全村3000户被夷为平地，最后被迫臣服并订定了麻豆条约。
像盘据在台中县南、彰化县北，以及南投县部分一带的大肚社，势力更为庞大。大肚番王为阿德狗让，最盛时期多达27个村社，番王长期直接统辖之地则维持十五、十八个村社，虽然于1645年表示臣服，但对荷兰人采敌视的态度，处于半独立的状态。除了以蕃制蕃，荷兰人还以蕃制汉。像1652年的郭怀一之乱，荷兰人驱使熟蕃攻击汉人，被熟蕃杀害的汉人有4~5000人之多。
当郑军来台，许多熟蕃见风转舵，马上倒向郑方。受荷兰人教化最深，信徒最多的四社率先投靠国姓爷。他们撕去课本，砸烂村里的学校与教堂，杀害滞留在村内的荷兰牧师、教职员、士兵与眷属。5月5日新港社、萧垄社、麻豆社、哆囉嘓(东山)社、善化社等16位长老归顺国姓爷，《从征实录》有云“各近社土番头目，俱来迎附，如新善、开感等里，藩令厚宴，并赐正副土官袍帽靴带。繇(由)是南北路土社闻风归附者接踵而至，各照例宴赐之。土社悉平，怀服。”这些长老村社之前都是荷兰人最忠实的盟友。
但到了6~7月，郑军开始缺粮，遂派2万人(往北1万3~4，往南5~6000人)去南北各村社进行屯田。因粮食告急，郑军的集粮手段也粗暴了起来，此一收粮屯田措施最后引起某些南北村社的不满，大肚社造反，郑军损失千人之多。《台湾外记》“张志、黄明纵管事杨高凌削土番，大肚番阿德狗让杀高反。”后来郑军进行报复“成功令杨祖征之，祖与让战，中标枪死，其锋甚炽，欲出援荷兰，功复令黄安、陈瑞二镇往征，安设伏诱战,遂斩阿德狗让；Darridaes 诸村以及至Taurinap诸村之民与九百名中国人作战。”
荷兰人走后，蕃人与明郑的对抗胜于荷治时期蕃人与荷兰人的对抗，因为蕃人的负担变重了。除了每人平均负担的贌金(注1)增加以外，蕃人也要缴人丁税，另外还要负担劳役，这在荷治时期是不存在的(注2)。1670年郑军部将刘国轩从南台湾到中部抚番，于大肚溪口附近上岸。当地的沙辘社不肯就抚，刘国轩挥兵猛攻，社番被杀者众，余者纷纷逃往它处。邻近之大肚与水里社番目睹郑军之残酷，遂逃之一空。黄叔璥《番俗六考》记载：“沙辘番原有数百人，为最盛；后为刘国轩杀戮殆尽，只余六人，潜匿海口”。
肚子决定脑袋。还有后勤吃紧的军队，军纪是好不起来的。
注1:
当时荷兰人并不直接向原住民村社的交易活动课税，而是交给承包商经营。拥有征税权的商人，即可独占村社内一切交易，惟每年须缴纳一定税额(贌金)给荷兰人，其余的收益才归商人自己所有。此经营权是每年由承包商们竞标所取得，一直延用到清朝。以1655年为例，凤山8社平均每人负担的贌金是0.14里尔，而1682年，平均每人负担的贌金是1.71石(明郑改征米粮)，约为1.71里尔，负担比以前更重。要注意的是，相比原住民的负担变重，汉人的负担反而是较为减轻的，应该说，两者负担的差距是变近了。
注2:
吴聪敏《贌社制度演变及其影响，1644-1737年》