事实经过：
104/4/11办理报到手续(已交付相关人事资料)
104/4/12实习交接半天，104/4/13实习交接一天
104/4/14公司才投保(理由是要前任同事退保后我才可以加保)
104/6/01提出离职(离职日6/30)
104/7/15发6月薪资(公司以我有签署同意书未做满半年减薪壹万作为赔偿为由扣钱
当时不知道，后来询问劳动部才知道是违反劳基法第26条)
公司回复如果不扣这壹万元，就要扣实习交接一天半的薪资(好像1300多吧)
叫我二选一，如果同意扣实习交接一天半的薪资就还要回公司签同意书
我以公司当时未保劳健保违法为由拒绝
问题：
1.寄存证信函(说明公司违法在先并要求不得扣除任何薪资费用把那一万还我)
2.申请劳资调解
3.检举公司违反劳基法(实习未投保以及劳基法第26条)
我是三个都要同时进行吗?
并想请益关于同意书的部分
劳动部给我两个说法
1.此同意书与劳基法牴触就算我签了公司也不能扣我钱
2.劳基法只能罚公司‘预扣薪资’这个动作，但是事后公司还是可以跟我要这一万
先感谢各位帮 小弟/小妹 解惑或提出建议，如内容尚有不足，盼请提出需补充之处。