※ 引述《rational (Hal)》之铭言：
: （日本语gogogo4 第32课 p.49)
: 正解：もう十二时なのに、妹はまだ帰ってきません。
GOGOGO用的是てくる的文法
: 我的答案：
: もう十二时なのに、妹はまだ帰っていません。
原PO用的是ている的文法
我的理解是ている在这句是强调帰る这个动作发生后，所产生的结果仍然存在
例如“王さんはいま台湾に帰っています。”
说话者在日本，对另一个人说王先生现在回台湾了。（回去了，且现在还在台湾。）
而てくる强调方向性，
“Ｏ帰ってくる”的くる指Ｏ离说话者越来越近，说话者可能跟Ｏ住在一起
相反地，“Ｏ帰っていく”的いく则是Ｏ离说话者远去，说话者不是跟Ｏ住一起
详细可以看这两篇文章
http://www.tomojuku.com/blog/teiru%EF%BC%94/ （ている）
http://www.tomojuku.com/blog/tekuruteiku3/ （てくる）
或是阅读文笙书局出版的林锦川编著的基础日语语法上册
第93及第116页
回到原PO的部分
“妹はまだ帰ってきません。”强调还没有回到我身边。
“妹はまだ帰っていません。”强调还没有在家。
如果要同时表达都已经（晚上）12点了这件事，说者大概是担心的。
我会比较倾向使用强调还没有回到我身边的
“妹はまだ帰ってきません”
而“妹はまだ帰っていません”只是说明她还没有在家。
想像，妹妹的国小同学在平常放学时间打电话来找(已经上高中的)妹妹，
你在电话里跟他说，不好意思，我妹还没回到家耶。
又或是隔壁你看不顺眼但又对妹妹有意思的邻居来找，
你甩上门之前对他说，我妹不在家啦！
结论，原PO的“妹はまだ帰っていません”没有错
不过当你要同时表达夜深了，对此人的担心的话，GOGOGO的说法会比较适合吧。
以上，我也不太确定自己的想法对不对，不过因为觉得这个比较很有趣，
所以试着打了一篇哈哈
敬请不吝赐教（汗）