设定：
主观上：皇帝本人很有意愿（当然是假设，反正皇帝转性了）这么做
客观上：皇权巩固以后
也就是在县一级，有县衙门（行政，比如管钱粮）与县法院（司法，比如管刑名）。
地检署暂不独立，相应职权归给县衙门。但是法院审判独立不受县衙门干预。
此外在法令上规定，法院也处理辖区内的行政诉讼，县衙门必须服从司法判决。
如果推行这样的制度，对吏治或人权而言，比原本历史中的地方司法与行政合一的制度，
有正面作用吗？

我觉得问题会出在那些正式的官没有往下的执行力，最后一样被同一群人把持，甚至表面上对抗的机制为了解决实际上超负荷的要求，会产生各种勾结妥协的潜规则。不过如果在开国时就有意识的创造两种对抗的团体，辅以更合理的经济规划，对地方分权更大容许度，或许会看到些正面收益。

如果明清科举分流为行政科与司法科 从人事上分流 不知可否多加起到行政-司法制衡的权力分立对吏治的好处?

明清时代地方的司法分立只有到省一级（提刑按察使），初期还有一个派出司法机关（道）管到下一级的府（数个府）

你没有想到地方大姓，从汉到明清，基层管治模式都是官民合作得罪地方大姓的话，没有人敢当你的师爷，甚至基层公务员都募不满

西方会搞三权分立一点是，原本司法审判权落在地方贵族手上最终生杀大权并没有独揽于中央，而分离同样也有助于中央统一管控，这是其中利益导向部分而中国皇权在收回生杀大权上成效较好，地方官掌初级司法也不威胁皇权统治而自从秦末后就不喜欢国家夫妻的大型公务机关，明朝这个问题更严重，连兵都基本不想给钱要他们自己养自己分割权力设置更多地方衙署，代表更多业务需要和更多预算明代要改很多才能有推动的可能真推动到能在乡下设派出所，这国家稳定度就会惊人的高了

西方的司法权分立历史比立法权晚英国当年是先有国会拿走立法与财政权，但王室为首的行政权依然掌握司法权

以专制统治而言 明清能作道德意志(第二)帝国那样的司法-行政分立类似情况(不须全像 多多少少类似即可)吗?这种对官员(原本县令集钱粮与刑名权于一身)权力限制的走向 初步评估起来 对当地大族的利益没有什么明显坏处加上建立行政诉讼制度的话 对县令滥权侵犯当地豪族的违法行政措施 就有法治途径解决 而非靠人治(谁靠山大)解决

我是觉得穿越者附体的角度有机会在朱元璋那代做到，但中间理论知识上要跨越的幅度很大，因为中央集权帝国的惯性就是觉得越集权越强大。