在确定与亚齐苏丹国为敌后，郑文升开始为即将到来的战争做准备。首先他先改建并强化
巴生河口与吉隆坡的堡垒，将原先以夯土为主的原始土垒，改建以砖头加上夯土为结构，
并具有多层防线的堡垒。而在设计的过程中，郑文升更高薪聘请葡萄牙顾问，协助设计星
状堡垒。在这之中，以吉隆坡最为完整，由外至内的多条防线，层层堆叠，固若金汤。
接着是强化军队，郑文升决定引入职业军官协助训练军队。在17市集，东南亚一带具有多
个日本人町，这些日本人主要以政争失败的士族，或是被排斥的日本基督徒为主。这些具
有大量战争经验的日本人也在东南亚各地担任佣兵，协助作战，其中最为庞大的日本人町
位于暹罗。郑文升透过贸易的关系，找上当时的暹罗国王，并向其阐述亚齐苏丹国渴望统
一麻六甲半岛的野心，并说明这将会为暹罗的南部国境带来的威胁。这受到暹罗的重视，
因此暹罗国王便允诺文芳商号在暹罗招募日本佣兵。
最终文芳商号透过暹罗的日本人町笔头—山田长政的协助，成功招募到一支约有150人的
日本人佣兵队伍，而这只队伍由前代笔头之子—津田弥兵卫所率领，同时加上其他地区招
募的日本佣兵，此时文芳商号的日本佣兵队伍人数扩充至350人，他们将协助文芳商号训
练专业化军队，并成为郑文升手上的菁英部队。
而在砲兵部分，文芳商号取得葡萄牙人的协助，一向受到亚齐苏丹国威胁的葡萄牙人乐得
将祸水北引，他们派出30名炮兵专家以及工匠，协助文芳商号成立欧式砲兵并仿制欧式大
砲。同时，郑文升也尝试将文芳商号中部分戎克船将装可供逆风航行的三角帆，以增加舰
队的机动力，然而此计画因华裔水手不习于操作三角帆而作罢。
另外文芳商号也尽可能地从东南亚各地招募佣兵，从缅甸的骑兵到航行于东南亚之间的武
吉斯人，文芳商号尽可能地扩张自己的武力。到了1623年，文芳商号的武装力量脱胎换骨
，从以武装商人为主的混合部队，转变为具备更多作战经验的职业军队。这让文芳商号不
仅战斗力大增，同时也可以不受战争影响，将商船持续派往各地贸易，不再需要担心军队
因季风贸易所需而分散各地的风险。