我自己很少把'虽然'两字独立成句，意思相近的 '尽管' 也很少独立成句。
你举的文言例子，我觉得跟白话中的虽然一词已经有点差异了
如果要翻成白话，应该接近 '即使如此' 那么这样的意思独立成句比较自然一点
我倒是有个假说

确实。文言中那种用法与白话已经不同了。也就是文言中“虽然”必得肯定某个前文，之后“即使如此”白话中却相反，是“虽然”带出某个待转折的后文。不过我查了一下，英语中 although 仅作 conj，不作 adv似乎地位与 however、nevertheless 异。感觉上白话的“虽然”更像是 although，后方必接子句为是。所以我前文说白话“虽然”副词，是我错了，更像连词。总之“虽然+，”果然是奇怪的表达方式。不只我这么认为！^^猜测这种把“虽然”独立成句或许还是生吞古文的后果吧？

咦 我从小学就习惯"虽然"及"但是"加逗号再写下半句耶

主要是口语化语气的差别,加逗号,加重"虽然"的口音

啊，是吗？但除非很特别的情况，否则语气断了还是怪啊？