我在美国念机械 phd，有跟几位教授聊过申请流程的事，大概可以给你一些建议。
先回答你的问题，有期刊发表是否可以拉抬 GPA 弱势？
答案是可以，又不可以，
你不是绝对的优势，也不是绝对弱势，就看施主你这副牌怎么打。
可以的原因：
绝大部分的申请人都没有期刊发表，教授基本上不期待你有文章发表的经验，
但你有两篇第一作者，这是亮点。
不可以的原因：
教授收博士班学生，是希望你能“好好做研究”做到“毕业”。
许多博士班学位都有修课成绩的门槛，意思是每年的 GPA 必须保持，例如 GPA > 3.3，
在台湾大学都修不到 3.3 了，来美国用英文上研究所更难的课，能维持 3.3 吗？
你会不会比其他学生需要花更多时间在修课，压缩做研究的时间呢？
除了修课，有些博士班需要通过资格考，资格考的内容有可能学科理论，
可能是大学部的范围，也可能是研究所的范围，那你能考过吗？
这些问题，比较务实的方法是查查你想申请的学校学生手册，通常网络上有，
会把博士班修业条件讲得很明白，这是教授会对你有的疑问，也是你迟早要面对的问题，
你可以先念个硕士把 GPA 拉高，直接解决这个问题，
或者你对这些问题有相应的准备，这才能提高入学、甚至毕业的机率。
题外话，在美国大约有一半的博士班学生无法拿到博士学位...，
博士班入学后，游戏才开始。
祝你申请顺利。
※ 引述《elmocc01 (贝曲)》之铭言：
: 各位留学板的前辈们大家好
: 虽然知道这是日经文了 但反复看了很多板上的心得
: 觉得自己的情况好像又有点不同QQ 想寻求一些建议
: 小弟是112化工系毕业 因为实在是很混 最后GPA是2.62
: 大四下发现还有一个主科没补修 要延毕一个学期
: 想说就去系上实验室当专题生 意外发现自己做研究的热情
: 半年时间发了两篇第一作者的Journal Paper
: 一篇是本科系相关 IF 4.4 另一个是食品加工相关 IF 0.6
: 这样的状况对我的低GPA会有帮助吗QQ
: 目前是想直接申请美国2017 Fall的化工Ph.D
: TOEFL跟GRE都有在门槛上
: 我知道有申请有希望
: 只是现在整理完TOP 100的名单 感觉自己大概要从75开始才比较有希望XD
: 个人对于排名是没有太大的情节 主要是希望毕业后能尽量留在美国找工作这样
: 也想请问排名后面的学校对当地的找工作机会会不会有很大的影响
: 谢谢!祝各位留学之路一帆风顺~