[问题]加速模拟时的矩阵相乘

楼主: kolun (...)   2014-07-07 14:34:09
我有一个模型Y = BF
其中B是N x M, F是M x T的矩阵
我要透过模拟F的变化10000次再组合回去得到模拟的Y
但速度非常慢
我现在的作法是
# data
M = 3
N = 500
T = 100
nSim = 10000
B = matrix(rnorm(N * M), nrow = N)
F = matrix(rnorm(M * T), nrow = M)
sigma = abs(rnorm(M))
Z = array(0, dim = c(M, nSim, N, T)) # preallocate
for (m in 1:M) {
eps = rnorm(nSim * T, 0, sigma[m]) #generate random normal
dim(eps) = c(nSim, T) # 变成 10000 x T
Fsim = F[m, ] + eps
for (n.path in 1:nSim) {
Z[m,n.path,,] = as.matrix(B[,m]) %*% Fsim[n.path,]
}
}
result = apply(Z, c(2,3,4), sum)
其中第一步allocation就要大概3秒 (on macbook air 2013 mid)
产生乱数的时间好像还在预期中
但是里面这个for (npath in 1:10000) {...}的时间实在太久了
我知道我现在的作法应该是最慢的
想请教版上的各位大大有什么方法可以提升速度呢?
谢谢各位
作者: celestialgod (天)   2014-07-07 18:40:00
没有详细的设定,只能给点简单的建议记忆足够下可以改成用parallel还要更快就是写Rcpp另外,避免循环 可以减少不少的时间在复制上面
楼主: kolun (...)   2014-07-07 19:17:00
我想请问像第二层循环这样的运算在R里要怎样避免呢?我试过apply但我发现没有比较快 在matlab里可以用bsxfun加速
作者: celestialgod (天)   2014-07-07 19:55:00
我不知道如何避免第二个循环
作者: clickhere (It's time to go home.)   2014-07-07 22:57:00
do.call("cbind",lapply(1:nsim,function(n.path){as.matrix(B[,m]) %*% Fsim[n.path,]}) 可取代第2层.没必要先宣告Z.
作者: Wush978 (拒看低质媒体)   2014-07-08 03:45:00
如果是linux or mac, 可以更换BLAS,矩阵乘法会快很多

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