我是重度ipad的使用者，工作条件和原po很像，一点心得分享
简单说，看paper，一定ipad温开水~说错，是Endnote
我用13年版的MBA，也是安装Endnote，这样在ipad上给paper做的笔记记号，
都可以同步到MBA。或相反。
这样做的好处是，离开办公室的时候只要带着Ipad, 到哪里都可以继续。
而且藉Ipad的阅读经验很好，看paper到烦之前眼睛还不会酸。
不过我不晓得Endnote对pen的支援度，如果有支援那就更赞。
ps. 更新到ios11之后Ipad的档案存取更方便了，
通过Dropbox可以随时随地文书工作。