中华人民共和国不同意台湾加入的原因是：（来自wiki）
由于世界卫生组织作为联合国的分支机构，必须是具备主权国家资格方可参与的国际组织，中华人民共和国基于其一贯的态度，反对中华民国以任何实体名义参与需要以主权国家身份才能加入的组织，对于台湾以一个中国名义共同参与则表达开放与欢迎。
中华人民共和国政府表示，台湾当局要求加入世卫是有政治目的的，如果允许台湾加入到世卫组织，这将被用作宣布台湾独立的借口。
中华人民共和国表示台湾加入世界卫生组织，不会促进中华民国在卫生领域与国际社会的联系，因为中华人民共和国政府已妥善照顾台湾人民的卫生权利。
中华人民共和国政府表示没有“卫生实体”这种说法，并邀请中华民国医疗技术人员加入中华人民共和国代表团共同参与世卫；这个提议遭到中华民国的郑重拒绝。中华人民共和国认为，虽然疾病无国界，但世界卫生组织只允许主权国家参加是不争的原则，在这点上是绝不让步的。
而且提出了建议：
承上，中华人民共和国主张中华民国可以循香港与澳门模式入中国代表团完整地参与世界卫生组织并得到照顾，因为香港及澳门的卫生及检疫系统同样跟中国大陆的体系不同。
为何台湾不能这样加入呢
一味的因为所谓的主权原因最后牺牲的是台湾人民的健康福祉
这相当于拿全体台湾人民作为人质