以下有大量剧透，不想知道剧情的请立刻左转。
正片刚开始五分钟官方有放出影片我直接跳过，接下来是芙雷雅带大家回到她出生的村落拜访，在一串欢乐party剧情后敌方战舰突然直接跳跃到大气圈内开打。敌方凭借谜之歌姬的力量加成战机能力(全都是ghost)后把风之国跟Delta小队打趴，甚至连风之国战舰都打爆。在绝体绝命之时另一艘友军战舰突然出现带着众人逃跑。如同大家所猜测是咱们的马克斯舰长跟艾基赛多参谋。
马克斯带着大家跑到以前ゼントラーディ的补给卫星避难，然后开始解说敌人背景：
敌人组织叫海姆达尔，领导是旧统合名将。以前因为一场导致部下丧生的事件对统合军怀恨在心，后来跟イプシロン财团合作并运用夏蓉苹果的虚拟偶像系统做出歌唱及ghost军团。歌唱系统中心是以前从风之国遗迹偷来的风の歌い手基因。这件事还有牵扯到ハヤテ他爸。
统合军一直以来都有一个幕后推手叫Lady M，而这个M就是埋梗埋很久的メガロード1。但メガロード1卡在空间的夹缝里，所以敌人的目的是利用各地的遗迹系统造出超级跳跃(スーパーフォールド)现象，把メガロード1拉到正常空间后击沉她。
中间一场模拟战，马克斯老当益壮开YF-29デュランダル屌打所有人XDD
因为敌人在マクロスギガシオン(马克斯的战舰)放了间谍，找到补给卫星地点后跑过来打人。女武神试图用歌声反击但反而被歌唱系统复制资料后造出闇之女武神。
打到一半芙雷雅在这边挺身而出用歌声强化ハヤテ机体及个人能力，带大家度过难关再次逃跑。
(我方利用相同的技术让歌声可以强化战机)
可是这却让她的结晶化现象加速，生命值去掉一半只能躺在治疗舱里。
接下来是大决战，马克斯找了一群统合军战舰来帮忙。然后把舰长位置让给阿拉德队长后自己开飞机出去帮忙。
这边的剧情有牵扯到马克斯、阿拉德及米拉洁。
马克斯其实一直不想当舰长，是统合军缺人他才不得不当。但他心中一直认为自己只是个纯粹的王牌飞行员。在最终决战时他发现阿拉德有当舰长的指挥才能，他就把舰长位让出自己回归成飞行员。出场时还对米拉洁讲了一句“我不是舰长，只是个天才！”XDDDD
因为阿拉德在间谍入侵时受伤无法出战，他让米拉洁当队长。米拉洁很烦恼自己没飞行员才能这件事，马克斯也很清楚。然后决战时发现她有着观看全局的指挥能力，证明阿拉德的眼光没错。
决战时本来女武神只打算四个人上场，但实在打不过对方。而芙雷雅也干冒生命危险，决心要以女武神的身份跟大家一起唱歌。因为战力原本屈居劣势，メガロード1有被叫出来，而且舰上有疑似早瀬未沙跟林明美的人影。(我只想骂干你河森，不要一直吊我们老粉胃口XD)
但之后借由芙雷雅及女武神的歌声，战局开始扭转。最后唱的ALIVE～祈りの呗～所有风之国的人民都一起跟着一起唱，他们的ルン也都像开花般发光。甚至连闇之芙雷雅都被影响到跟着一起唱。至此战局完全扭转，ハヤテ也打进敌方舰桥，并发现歌唱系统里面似乎有人。最后敌舰(バトルアストレア)虽然主炮发射，但幸好有其他友军战舰一起支援攻击让射击轨道偏移，メガロード1才得以存活，然后又回到空间夹缝里。
ハヤテ从歌唱系统里救回来的是一个风之国女婴，大概是当初被偷走的基因成长成的。
至此战斗虽然以胜利做结，但芙雷雅也气力用尽，生命走到尽头。我本来还想说一定会有方法救她，但没有。她就真的死掉，成为マクロス史上第一个领便当的女主角。喜欢她的粉丝应该会崩溃吧。
片尾最后是ハヤテ在风之国把女婴养大。几年没写，不过看起来才两三岁。坐在ハヤテ肩膀上跟他对话。女婴的感觉很像芙雷雅，也可以说是他们两人的孩子吧。他们原本在剧场版中已经互许终身，不过结局却是残酷的。
这次的剧场版应该就是把Δ的故事做一个完结。只是不知道之后还会不会有新作。干你河森既然把メガロード1拉出来了就给我做外传啊啊啊！

唉......

干你河森 干

三小…

蛤…

肥宅都会看到哭

干你河森还我安康鱼

淦你河森啊

干你河森

虽然想说些什么 但这次我闭嘴 R.I.P

啊不是说是换身体到女婴上

还我安康鱼对阿 所以换身体那是假剧透喔

哇，这剧情...挖很多坑啊！

ハヤテ还有把婴儿带给芙雷雅摸，设计成换身体的话也太邪恶了吧ww

这次河森做得很绝 这样子女武神这团体会继续活动吗?

我个人是超级芙蕾雅粉，但我满喜欢这结局的，虽然心中一直期待会不会有奇蹟，但还是能接受她的选择，决战结束后表演服随着结晶化同时转成白色婚纱，最后在疾风怀中离世真的很凄美

还有plus要素耶