楼主:
LUSRICH (ININ)
2018-01-18 01:53:08请问进行细菌 真菌 及古细菌菌种鉴定时，
该选择
NGS或MOLDI -TOF呢
送验之样本用这两种方式测到不同的结果
故有此困惑，先感谢版大们之解惑了！！
作者:
rossy (Rossy)
2018-01-18 12:36:00NGS看基因体序列 MALDI-TOF看蛋白质 一般都先定序然后做Phylogenetic tree去看看这些菌属于哪一类
Maldi-tof 你目的要做什么？前处理是？没有target 就没有特定要看什么的话，你只会看到一些不知道是什么的东西这些东西不只会是蛋白质maldi told 要看核苷片段也是可以的，需要比对数据库看蛋白表现就需要水解，电泳或否，上机，比对数据库
楼主:
LUSRICH (ININ)
2018-01-18 21:49:00感谢版大们回复我送验的样本是含多种未知菌的复合样本故先送NGS检测后验出其中有肠球蔨属之粪肠球菌，于是委托厂商以肠球蔨属的培养基分离，并再以malditof蛋白图谱去鉴种作二次确认，结果打出来的93个点都显示是另一种菌：耐久肠球蔨，接下来就卡关了 板大们建议以何种方式往下验证呢？感激不尽
93个点 你是指maldi 的plate还是？以及处理方式？
楼主:
LUSRICH (ININ)
2018-01-19 17:18:00C大您好 感谢您 我刚刚与厂商确认了这个问题我们当时系以肠球蔨属培养基上的colony们挑了93个点打哦第94个样本以Ecoli当对照
活菌直接上机吗？还是有萃取？前提是你选择培养基上colonies 是纯菌株，然后有无萃取步骤或是直接混基然后同一盘上面的点最好也挑去做colony PCR 确认一下有种情况是看似single colony 但却是重叠若不是，基本上Maldi都只能当作佐证；NGS就看做多深