我就我自己所了解的房屋自住部分大概回应一下您的问题。
不过因为并不是很清楚知道您的状况，所以我只能就您文中所提的简单回应一下。:)
只是在此先厘清一个观念：
就中华民国目前的房屋税而言，不会出现“我房子已经采自住税率好几十年”的情形。
因为中华民国是从104年度房屋税才开始划分自住使用跟非自住使用。
也因此，最多就是“我家房屋按自住住家用税率已经2年”，不会比2年再多。
了解这个之后我们再继续往下看.....
※ 引述《iloveus (iloveus)》之铭言：
: 各位前辈好
: 我们家的房子从十几年前就自住，但名字不是我们的。
: 103年的时候过户时请代理协助办理相关事宜，缴纳2个月的房屋税（税单上为住家自住），并申请地价税自住。
: 但下一次的房屋税单来却变成住家非自住税率，家老也不疑有他直接缴费（因一直以来都自住、过户的时候税单也自住、相关事宜认为代理应该都有办妥），
因此我想请您做的第一件事，就是去看一下103年度的房屋税单。
我相信103年度的税单上面写绝对不是“自住住家用税率”这几个字。
而是只有住家用税率一个字段，不会像104年度的税单，还有分自住和非自住。
另外您文中提到103年度缴交了2个月的房屋税，表示您大概是103年4月下5月上办过户。
如果您的代理人是这个时间点来办理的话，必定不会办理“房屋自住住家税率”。
理由很简单：因为房屋自住是103年7月1日以后才有的政策。
如果在103年7月以前过户，怎么可能办得到103年7月后才有的东西？
(房屋自住及非自住税率是从104年度开始实施，
而房屋税计算又是从上一年度的7月开始起算，一直自本年度的6月终止，
故房屋税自住的时间等于是从103年7月以后才开始施行)
那么，假如我没申请房屋自住，我104年度房屋就一定是“非自住”？未必。
因为过渡时期，不知道规定的民众一定比知道的民众来得多。
为了避免民众权益受损，所以政府订定了一个“自住房屋认定标准作业原则”。
http://www.rootlaw.com.tw/LawArticle.aspx?LawID=A040070051075100-1030710
里头内容主要的部分，还是把之前有关房屋自住的相关法规再提一次。
但其中也有一些行政上相关的规定，一些比较重要的：
1.本人、配偶及未成年子女名下，住家用房屋少于三户者，电脑转档暂按自住课征。
(但承办人员可视实际情况变更)
2.本人、配及及未成年子女名下，住家用房屋三户以上者，发函请民众回复。
如果没有回复，统一在103/10/31转成非自住。
3.公同共有房屋(如：继承的房屋但持分未厘清者)、信托房屋、
奖励停车位之持分房屋的房屋，个案查核(就政府也不知道怎么算啦XD)
所以i大您提到您的房屋104年没有改为自住，很可能就是属2或3的状况。
我的直觉是3啦，房屋是属继承案件，因为所有权人是公同共有，所以未转档。
不知道这是否跟您的状况相符？
: 已致电税务承办人答复：没有申请就没办法适用自住，去年的来不及了，今年的因为也已经缴纳且现在申请也是下个月开始生效，可能无法适用自住税率.....
: 请问各位先进像这种情形没办法救济
: 吗？我是指去年跟今年溢缴退回，因为实在觉得太不合理，多年来我们实际都自住，却因为他自动跳非自住而被加收税金。
基本上房屋使用情形变更的生效月份，是以15日做一个分割。
15日以前，当月生效；超过15日(从16日起)，从次月开始生效。
基本上现在办理自住，应该是从6月份开始生效，照理应该退你一个月的溢缴费用啦。
只是您可能要注意一下，如果房屋的持有人不止您一位的话，
到时候退费基本上会是“按持分退给每一个持分人”，
不见得是您缴费就把款项全部退还给您喔～
如果要全部退还给您的话，基本上税捐单位应该是会要求您附上一份切结书。
里头可能有每一位持分人的同意，将溢缴的税额退还给您。
这种状况到时候可能会很麻烦就是了.....
另外，基本上采申请制的优惠，原则上如果没申请的话，就比较难向前追溯。
目前能追溯的几个源头就是代书和户政。
就我所知，现在的户政如果有办理户口迁入的话，通常都会主动帮民众办理自住。
只是我不知道房屋自住刚施行的时候，户政单位是否也是如此？
如果您有办理户口迁入的话，你要不要询问户政看看，当初是否有办理自住？
: 手机发文排版请见谅，感谢各位！
好像都是释疑比较多，没有提出比较具体的办法，真的不太好意思。^^|||