原文恕删 对原po的几个问题试着回答看看 不是南岛语专家 有错请见谅
问题1. 为何除了台湾本岛的南岛语其它地方的南岛语都属同一语族?
(即南岛语系下的马来-玻里尼西亚语族?)
这个只能说比较语言学构拟(反推)的结果就是这样的。
以马来-玻里尼西亚诸语的数字2来说，有dua duo rua ruo lua各种讲法
并且我们发现仅在菲律宾的某些语言中，有着duha的讲法，于是我们做出判断
认为这个词的祖形应该是接近于duha那样的。
(除了保存著元音之间的h的那些语言，其它语言都把元音之间的h丢掉了)
也就是说，这些语言我们不难看出来有一个共同的源头，那这个源头，也能
套到台湾的南岛语上面吗?
我们审视了一下台湾南岛语的资料可以发现，2的讲法也很多样
有doθa ruso cuusa tusa' dusa daha roʃa' 等
也不难看出来，我们对马来-玻里尼西亚诸语的构拟*duha (*表构拟形式)
不太能直接套到台湾南岛语的例子上，但马来-玻里尼西亚语和台湾南岛语
的共性仍是十分显而易见的(抱歉这里不多做说明)，于是我们把原始南岛语的2
拟作*duSa，这里*S是一个未有定论的"s类音"，可能是s/ʃ之类的
到这里可以做个结论，*S -> h 是一种演变路线(变成原始马来-玻里尼西亚语)
而*S变成(或仍然是)s/ʃ/θ是其它路线，造成了原始南岛语朝向各语族的分枝。
(对其它的子音如开头的d或甚至元音也能做这样的比对)
问题2. "语言最歧异的地区，就最可能是该语系/语族的起源地"的说法
这应该算是近代历史语言学兴起后，各语言学家经过研究所得出的一个"通则"
基本上，语言的分化是需要时间的，我们看到分歧大，很大程度上是表示
(在所在地)存在了很久。也因此会说分歧最大的地方较有可能是起源地。
当然语言也不是没有突然经历快速演变的可能，只是就如问题1的例子提到的，
我们可以透过一些简单的比较看出某某语言是在哪个节点跟其它语言有了不
同的演变方向。我们可以知道这些歧异，是在上层的节点，还是在下层的节点。
记得以前看过李壬癸教授的一篇文章提到这点，他对这种说法基本上是支持，
并提到过像北美原住民的Athabaskan诸语 就是西方语言学家研究出的典型例子
(分布图: https://imgur.com/8Odh7NC.png )
其中加拿大境内的Athabaskan语之间分歧明显 而美国西南部的几种Athabaskan
语之间的分歧就相对来说不太大 可推得起源于北方而非南方 是一正例
但他也提到一个反例是(汉藏语系底下的)汉语族
汉语明显是中国东南方的分歧较大(有吴湘闽粤客赣等，而且闽语内部分歧也大)
北方基本上就较为统一，以官话和晋语占绝大多数(虽然其实官话内部分歧也没想
像中小)。然而基本上不太有人会认为汉语是起源于中国东南再扩散至北方的。
(关于汉语为何是这样，在此不做具体论述，对中国历史和地理了解的应该都懂)
所以也不要觉得这种说法100%准确，尤其在尚未细究实际资料之前。
(具体来说是哪篇文章我忘了 有空再查)
问题3. 所以是什么造就了台湾南岛语的分歧比其它地方的南岛语大?
其实我觉得原po你在原文倒数第二段已经自行解答了，我也是觉得此说法较有
说服力("当时可能只有少部分的族群选择迁离台湾，......")
我猜可能是一些讲原始南岛语的人从台湾迁至巴丹群岛或吕宋之后，这群人的
原始南岛语就演变成了原始马来-玻里尼西亚语，然后再次扩散至南洋群岛
太平洋诸岛等地，于是这些语言都是原始马来-玻里尼西亚语的子孙。
也有可能原始马来-玻里尼西亚语已经在台湾岛上已从原始南岛语演变而成，
但后来这群人迁移走了，在其它岛屿上开枝散叶，在台湾岛上则留着其它
原始南岛语的支系，如原始北台湾南岛语、原始邹语等。
至于说原po倒数第三段"南岛语族的祖先来源分歧"，这就比较难以验证。
我也有设想过比方说琉球人能漂流到台湾嘛，搞不好很久以前有一群琉球人
不知怎的来到台湾，没被赶出去或杀光反而逐渐南岛化并定居下来。
当然这种理论不是不可能但很难找到证据，基本上我持保留态度。不过确实
，语言的歧异或演变有可能不单是自身分化，而是跟其它语言接触的结果。
如果要接触，也得是在原始南岛语时期有跟各方接触，才会导致不同的演化方向。
所以不如就假设台湾是南岛语的发源地。
P.S. 其实台湾南岛语应该分成几支(几个语族)，各家说法尚无定论
李壬癸教授在不同时期的研究也不太一样
像这篇(2006年)的研究采用四大支的分法 (https://bit.ly/3kDY7tp p.8)
台湾本岛的南岛语确实囊括了南岛语系下除了马来-玻里尼西亚语的所有
其它支系，但稍微研究一下会发现这不是什么很难以理解的事。