[程式咨询] Bioinformatics的XStringset格式转换
[入门]
2010修课玩过VBA，不过之后就没了直到今日，也算新手吧
此版首po,请前辈们指教
[问题叙述]:
小弟我刚踏入bioinformatics，用Bioinfomatics with R cookbook 自学中
在MSA, Multiple Sequence Alignment部分，
使用下面这个package时卡关了
muscle, (multiple sequence comparison by log-expectation)
我的问题是:
如何转换XStringset格式，且是多笔资料转换
(有查询Biostrings 中AAString功能，但仍不知道如何使用)
[程式范例]
这是原书步骤
http://imgur.com/eFWyDjk
http://imgur.com/94zPqQQ
这是会用到的fasta档案
http://tinyurl.com/q6kjpru
以下是我的内容
pastie版 (第一次使用，还不熟，请见谅)
http://pastie.org/10540288
自己截图版
http://imgur.com/ecLpoF1
http://imgur.com/4BqdEng
http://imgur.com/rT9PEqr (后面是其他物种的序列，共十种，我就不贴了)
http://imgur.com/0WvRNXJ
因为教材有点年份，code有些出入
例如install.packages("muscle")会找不到东西
或是没有muscle::read.fasta这个功能
这里再说一次我的问题
有查询Biostrings 中 XStringset、AAString功能，但仍不会使用
想请问: 如何将多笔资料转换成XStringset格式
[环境叙述]:
直接截图
http://imgur.com/u42f95X
[关键字]: R, muscle, Biostrings, multiple sequence alignment, XStringset