各位贤达先进：
小弟今日遇到一个棘手问题，
望各位先进指点：
数月前我刚调派到目前单位，
经理指派我承接一般事业废弃物清运工作的发包，
本案先前在课长手中已流标两次，
因子月未清运而造成厂内暂置场已爆仓，
故清运工作迫在眉睫，
小弟之前未接触过发包，
因此被迫赶鸭子上架，硬著头皮上阵，
好不容易顺利决标，
在完成整个程序后，
在长官催促下当然请厂商尽全力清运，
以纾解累计数月的储置压力，
但问题来了，
本案是年度包（公告金额以上未达查核金额二分之一）
但采每月验收、每月核付金额，
今天我准备进行本月验收结算时发现，
契约特订条款有规定某项废弃物当月最大清运量，
超出部分将不予计量，由乙方自行负责，
但该项废弃物本月清运量经统计已超出甚多，
厂商也完全没有注意到这个问题，
因为厂商之前从未遇过这种情况而疏忽，
我也因为没有经验又赶着解决问题，
所以完全没有注意到这条款的限制，
计算一下超出部分金额还不小（但离决标金额还有很大距离）
厂商不可能就此吸收损失;
我向环保部门请教为何订此上限，
才知环保局有规定每月本厂该类废弃物产生上限，
但并未规定清运上限，
也就是我们产出量在合格范围内，
只是因为累积数月，才使清运量爆量，
因此我部门主管想要执行契约变更，
将清运量上限加大做来解套，
希望可以顺利让厂商取得款项，
毕竟他也协助我们处理问题，
只是一时疏忽，
若无法取得款项，后续发展难以想像！
但我有两个疑问：
1、契约变更后可溯及既往吗？若6月才完成变更，可适合于5月已执行工作的验收和付款
吗？
2、这做法有无违反采购法？是否会有图利厂商之嫌？
小弟相当烦恼，希望可以顺利解决问题，
多年来小弟个人工作表现不差，
也一直深获各级长官的肯定，
我不想栽在这件事情上呀！
盼各位先进指点迷津，
万分感谢！