事实经过：
工作当中主管告知因有公物遗失要检查员工的私人包包(工作时与其他同事一同收纳在公共置物柜，未带在身边），且其他人皆已经接受检查，只剩下我。
我当下感到错愕不愿受检而有所闪躲，但最后仍接受检查，结果发现遗失公物真的在我的包包内，主管随即通报上层。
我否认犯行，公司参考主管报告及我的陈述后认为说词不一，尤其我得知要受检时说词闪烁拖延，行为有瑕疵，所以即使目前尚无法取得证据证明是谁将公物收进我的包包，公司仍认为我嫌疑较重，请我选择赔违约金离职或对我提告。
问题：
公司警告过去也曾有员工决定打官司，结果旷日费时且最后败诉留案底又被革职，走得非常难看，也不用想再待在同业，调查期间没有薪水还要配合警察搜索住家是否有其他公物，由于我确实拿不出证据证明另有其人，想询问在这样的情况下，走司法程序大致会如何调查？
刚好遇到周末感觉求助无门，担心赢不了大公司，又一直被主管讽刺，觉得是否就离职算了…但这是我喜欢的工作，不甘心遇到这种事却要赔违约金离开… 希望能得到各位的建议，真心非常感谢。