事实经过：
原本任职于一家小型家族企业，从去年任职以来都是周休二日(见红就休)
每天固定工作八小时，前些天口头向主管请辞(之后也有寄email到公司信箱)
并提出想请特休，但老板当时是说因为公司已经周休二日所以没有特休
而且公司内规以往都没有特休，后来我询问过劳工局
得到回答是特休跟周休二日是两回事，并转达给老板
结果老板就说会给足7天特休
但却用劳基法第30-1条跟我说公司是可以适用弹性工时的指定行业
公司其实是采用隔周休制度，去年让我周休二日也没要求补齐每周一到五每天各24分钟的上班时数，(一年: 123天假)
反而比隔周休制度(一年: 110天假)，让我多放了13天假
所以多放的假还要再扣薪
我有反应面试和人力银行登载征才时是载明周休二日
加上过去上班都没被告知公司采隔周休制度，但老板只是说因为他自认 这样的"周休二日"优于"隔周休+7特休"所以就没特别提起
问题：
因为是小公司完全没有打卡纪录可以备份，但我确定面试时的确是被告知公司周休二日
(可惜我没有留当时人力银行的资料或录音TAT)
这一年来上班也没有被告知公司是采隔周休制度，就一直休六日)
请问老板现在才告知公司实际的工时制度(和我一直以来的上班工时不同)而要扣我假，这样合法吗?
假设不太合理，有哪些方法或是证据资料我可以先留存下来吗?
因为正式离职还有一段时间，为了在公司好过一点我只能先息事宁人低调点>"<
离职后还能可以向劳工局申请调解(申诉)或检举吗?
先感谢各位帮 小弟/小妹 帮忙解惑或提出建议，如内容尚有不足，盼请提出需补充之处。