在2007年后，陆军师指挥机构被完全裁撤，精进案后的国军地面部队基本放弃跨作战区打击
任务，转而改成各区独立固守。而裁撤师指挥机构后则是以作战分区的形式来指挥作战区内
所有的旅级部队，由宪兵编组的台北卫戍区指挥部也取代卫戍区司令部作为卫戍区的师级部
队指挥。所有作战分区皆为少将军阶，且指挥官兼任作战区副指挥官，绝大多数作战分区指
挥部皆为教准部单位动员而成，一个作战分区至少对应一个可登陆的滩头。第一作战区并无
配置作战分区，第二作战区仅台东地区有台东作战分区。
台北卫戍区指挥部－配属第三作战区
2005年编成，由宪兵202指挥部战时编组
前身部队：台北卫戍区司令部
兰阳作战分区指挥部（黄龙部队）－配属第三作战区
2005年编成，由兰阳地区指挥部战时编组
前身部队：51师指挥机构
台北作战分区指挥部（虎啸部队）－配属第三作战区
2007年编成，由关渡地区指挥部战时编组
前身部队：26师指挥机构
桃中作战分区指挥部（精是部队）－配属第三作战区
2004-2007年间编成，由装甲兵训练指挥部战时编组
前身部队：装甲兵训练指挥部暨装甲兵学校
新竹作战分区指挥部（捷豹部队）－配属第三作战区
2004-2007年间编成，由陆军部队北区联合测考中心战时编组
前身部队：装甲兵第一师
中苗作战分区指挥部（精训部队）－配属第五作战区
2004-2007年间编成，由砲兵部队测考中心战时编组
前身部队：不详
云嘉作战分区指挥部（潼关部队）－配属第五作战区
2004-2007年间编成，由陆军部队南区联合测考中心战时编组
前身部队：第二考核指挥部
台南作战分区指挥部（飞鹰部队）－配属第四作战区
2004-2007年间编成，由飞行训练指挥部战时编组
前身部队：陆军航空训练指挥部
冈南作战分区指挥部（汤山部队）－配属第四作战区
2004年编成，由砲兵训练指挥部战时编组
前身部队：砲兵训练指挥部暨砲兵飞弹学校
高凤作战分区指挥部－配属第四作战区
2006年编成，由海军陆战队指挥部战时编组
前身部队：海军陆战队司令部
潮屏作战分区指挥部（金汤部队）－配属第四作战区
2004-2007年编成，由步兵训练指挥部战时编组
前身部队：陆军步兵训练指挥部暨步兵学校
台东作战分区指挥部（镇东部队）－配属第二作战区
2004-2007年编成，由台东地区指挥部战时编组
前身部队：步兵210师（光武部队）