以下简单论述个人想法。
这两者基本上是互为表里的关系。
详细去了解资源基础论和竞争优势论能有更清楚的认知。
核心能耐，是以资源基础论为基准(内构论点)，
强调企业透过所能掌握之各种资源累积的组合、运用与看法(主要受领导者影响)，
形成关键知识(如管理规则、组织文化等)与关键技术(如专利、动作分析等)，
最终使企业在某些领域或方面达到数一数二的地步，
ex.例如GOOGLE的崛起、微软的发迹等。
核心能耐的发挥，主要在高层团队所凝聚的人的表现、思维价值与坚持，
进而形成公司上下各部门、员工整体的一个概观。
可以参考那部facebook电影和贾伯斯传。
你所说的竞争优势来源，当然就是竞争优势论所强调的内容，这是透过环境/领域/产业，
整体比较而来的外构论点，强调产业内因某企业拥有不同于其他竞争者的
特质/能耐，而形成独特优势，技压群雄。
竞争优势的来源，通常表现在该企业在该产业内的数面向之一或合集：
1.有相对够好的产品品质与够低的成本、2.有独特的技术或资源、
3.能不断提高进入障碍、4.能投入更多资源排挤对手。
ex.最清楚易懂的例子，就是不断的购并、购并再购并，
看看诺基亚最近卖给了谁、摩托罗拉又被谁买走、
还有知名公司在全世界各国的专利权与申请禁卖令官司等。
两者的关系：
企业崛起之际，着重在核心能耐的发展，随着成功获取市场青睐与远景，开始壮大，
会逐渐形成公司的关键知识(ex.风气)、与技术(ex.专利)，
(题外话：在这部分当然受领导者影响很大，ex.贾伯斯的苹果崛起史、郭董的鸿海。)
在开始向外扩展多角化、跨领域或垂直发展阶段，
核心能耐的外在表现成为竞争优势来源，
有更多的钱、人脉、镁光灯等 能够帮助企业获取竞争优势并巩固优势，
形成产业内的焦点。
ex.之前也有报导国外某残疾者临时等班机后补，因为没位子，
结果总经理让他直接搭头等舱(领导者的思维价值影响)，
让该公司获得好评与曝光，加深品质印象(竞争优势强化)。
这样大概能比较清楚两者异同了。
相同点：都是企业成功的关键。都是企业拟定策略的基础。都是一种综合能力。
是一种互为表里的转化。都会随着环境的变化而改变倾向/比重。
差异点：内构与外构观点。基础论点不同。
核心能耐强调人，竞争优势强调手段。
直接影响不同─核心能耐主要影响内部(内而外)；
竞争优势来源主要影响产业/外部(外而内)。
结论：两者本质不同。
题外话：资源基础论，偏向1950修正理论时期观点，强调内而外的行销思维，
着重只要搞定资源(来源)的取得、整合与运用就好。
竞争优势论，偏向1980整合时期观点，强调环境的变化影响，
是外而内的行销思维，除了资源要搞定外，更着重控制环境为我所用。
以此来看，两者不是相对并立的观点(只是教科书都放在一起讲)，
而是一种逐渐演进的思维。
以上是个人的想法，提供参考。