和推文有不同见解，供原po参考。
依据金管会94年10月17日金管保二字第09402089130号含函说明二，
台北巿政府处理消费争议案时，发现有保险公司办理实支实付型住院
医疗费用保险单保险金之给付时，以实支实付为理由，于应给付之保
险金中扣除被保险人自社政机关或慈善机构、公益团体所接受之救、
补助款项后之金额而为给付，惟查前开救、补助款尚非属“住院医疗
费用保险单示范条款”、“伤害保险单示范条款”及“旅行平安保险
单示范条款”所称“社会保险”之范畴，故不应予以扣除。
虽然你的个案中，补助医疗费用的机关和上述函示不同，但应该是可以适用的。
附上函示连结供参 http://ppt.cc/Yo1x
※ 引述《mystery (哇哈哈)》之铭言：
: 因为本身是医院内员工
: 在院内手术自费部分费用和病房费用均有减免(约六折)
: 想请问申请实支实付理赔时 这些减免费用也会被扣除吗?
: 还是照原价理赔
: 收据上是有列出杂费明细原价
: 减免部分是最后合并计算(无法知道每项医疗杂费减免额)
: 申请理赔时,保险公司会如何给付?
: 想请有经验人士或相关保险员回答 谢谢!