军团菌的名字源于1976年7月在费城爆发的一种“神秘疾病”，该病共造成221人患病，34人死亡，患者大都为美国退伍军人，因而被冠名为退伍军人症。退伍军人症被广泛宣传而造成一定程度的恐慌。
1977年1月18日，该病的病原体被确定为一种不为人知的细菌，随后被命名为军团菌。