※ 引述《rrr518 (小笼包猎人)》之铭言：
: 大家安安
: 今天来说说 基因序列 的故事
: 希望大家能花点时间看完
: 我会尽量写得简单~ 让大家都看得懂
: 希望会减少大家一些误会资讯的机会
: ※ 引述《A1an (再说)》之铭言：
: : ※ 引述《powyo (光子郎)》之铭言：
: : : 这个说法是骗文组的吧 就算一样又怎样？是同一个人传播吗？
: : : 所以现在是要收集三种不同病毒株 才能升三级吗?
: : : 阿印度2000多万例确诊 几乎都是同一种病毒株 所以来源都是同一人?
: : : 这逻辑怎么看都有问题吧
: : 短短的发文让人满满的“你到底在问什么？”
: : 印度2000多万例几乎是同一种病毒株是什么意思？
: : 在印度肆虐的B.1.617现在本身都有三个变异株了，[1]
: : 印度变异株的特色就是在L452R和E484Q双重突变，
: : 但是其中的B.1.617.2没有E484Q突变[2]，
: : 你还以为全印度的印度变异株都长一样吗？
: 我们先来定义一下“XX病毒株”是什么意思
: 以南非病毒株为例 主要有3个在Spike(棘蛋白)上
: 分别是 K417N E484K N501Y
: 这个的意思是
: 在第417个位置上 K变成了N
: 在第484个位置上 E变成了K
: 在第501个位置上 N变成了Y
: 人们发现带有这三个位置变异的病毒株采集到的比例越来越高
: 因此将有这三个特征的病毒株取一个名字
: 因此 这只是其中一个“分支”
: 但这并不代表 所有叫南非病毒株的病毒
: 都只有这三个突变
: 在南非病毒株这个大分支下
: 还有很多小分支
: 分别带有 L18F, D80A, D215G, R246I, A701V
: 其中我记得我当初分析的时候
: D215G 和 R246I 是互斥的
: 因为是不同的小分支 各自演化出来的变异
: 这表示 如果今天分别采集到病毒
: 其中一只带有 主要的 K417N, E484K, N501Y
: 则 我们会将他归类为 南非病毒株
: 而如果采集到的两只南非病毒株
: 一只有 D215G， 另一只则有 R246I
: 那么!!!
: 因为这两个突变是互斥的
: 表示他们分别是来自不同的小分支
: 因此就知道是不同的感染途径
: 如果 都是南非珠 而且也都有 D215G
: 那么光看这里可以猜测来源一样
: 而且要注意的是
: 这边还只看Spike一个蛋白质而已唷!
: 这个基因占全部序列只不过15%左右
: 全部基因一起看会有更多不同的变异特征
: 像是Orf1ab(另一个蛋白质)有 T265I, K1655N, H2799Y ..... 以下省略
: 何况这里只列出 比例多的 且 改变功能的
: 当我们实务上在比较基因时
: 还会看到每一只病毒 多多少少都会差一两个位置
: (全长大概30000，只要有一个位置不一样都可以看得出来)
: 就跟每个人的长相有差一样 XDDDD
: 小结论1: XX病毒株只是某一个分支的代号，并不表示全部完全一样
: 小结论2: 病毒或多或少都会差一两个位置，因此要“完全一样”不是那么容易
: 要是不同的感染源，又要一样基因，机率更低，低到可以忽略不考虑。
: 那么 到底怎么看传染顺序呢?
: 因此假设今天有一个病人身上采集到 AATAAAAAAA
: 被他传染的采集到 AATAAAAAAA
: 因为在第三个位置都是T 所以很有可能就是被第一个病人感染的
: 之后的病毒会继续继承第三个位置的T
: 但自己也会有一些不一样
: 像是可能会变成 AATAAACAAA
: 那么我们因为先看到了T 就会知道大概是同一条途径的
: 所以在与 参考序列(最早期的病毒序列)比较后
: 我们可以绘制出关系图如下
: https://i.imgur.com/BaNBixs.png
: https://i.imgur.com/wSJliRa.png
: (加上序列方便大家比较)
: 从这里可以看到 Seq1 与 Seq2完全一样 (在同一个线上，没有往外长)
: 而Seq3则是从Seq1与Seq2演化出来的 (在同一个分支内，但是树枝往外长)
: 只要我们有了这个关系图
: 再加上 发病日期、采集时间 等等
: 就可以大致上知道传染的顺序
: 所以并不是看是不是都是英国株 或者都是南非株
: 就知道是不是同一个感染源
: 我们会去详细看到底改变了那些位置
: 并结合时间、地理资讯等等 才会做出是不是同一个感染源的结论
: : 然后RNA反转录病毒是一种碱基很容易复制错误的病毒，
: : 碱基错误够多可能会造成三个碱基一组的codons突变，
: : codons的突变够多又可能会导致棘蛋白、膜蛋白、封套蛋白的改变，
: : 这三种层级的突变是不一样的，
: 这里错误量有点大
: 三个碱基会编码成胺基酸
: 怎么组成胺基酸的呢? 这个可以查密码子表
: 我们举个例子
: 碱基 = 胺基酸
: TTT = F
: TTC = F
: TTA = L
: TTG = L
: CTT = L
: CTC = L
: CTA = L
: CTG = L
: 我们可以看到 TTT 跟 TTC 长得不一样
: 但是都做出 F (苯丙胺酸)
: 因此如果一个序列 从TTT变成TTC
: 在序列上看起来不一样 可是做成蛋白质后会长一样
: 这样子就不会改变蛋白质功能
: 因此我们称为 synonymous (同义突变)
: 但是当 TTT 变成 TTA
: 查表可以得知 会从 F 变成 L
: 这时候会改变蛋白质结构 因此功能上就会有不同
: 可能是功能不一样 也可能是功能变强变弱
: 总之这样子确实有改变的突变我们称为 nonsynonymous (异义突变)
: 所以我们可以知道
: 这样子的改变 并不是累积多少突变才会造成的改变
: 而是改变到“会改变的位置” 就会改变
: 再来是 不论是棘蛋白(Spike)、膜蛋白(Membrane)、封套蛋白(Envelope)
: 层级上都一样
: 好啦其实我不太懂这个怎么分层级 XDDDD
: 突变就是随机突变的
: 我们发现集中在某些蛋白上(例如Spike)是因为选择压力
: 但是由于是随机突变的
: 所以不管是什么蛋白质，只要不太影响生存
: 就都会看得到突变
: 但是实务上
: 关注的层级的确会有差别
: 我们会特别关注 Spike 是因为这个棘蛋白他是负责跟人类的ACE2(血管收缩素转化酶2)结合
: 这个ACE2是细胞膜表面的受体
: 简单来说就是病毒进入细胞要透过ACE2
: 所以人们才会如此关注这个Spike
: : 就算是同样的变异株，
: : 碱基序列可能就不一样了，
: : 只是改变的碱基没有改变到例如关键的L452R和E484Q这类突变。
: 通常一个受到关注的变异株
: 会被冠上一个尊称(?)
: 就是因为它改变了关键性位置
: 所以都会带有这些关键性位置啦 而且这是他们的特征
: → james732: 要突变到什么程度才会影响疫苗的效果？ 05/13 12:02
: 这个问题不错 相信也是大家最想知道 也最不懂的 XDD
: 如同前面说的 其实就是看有没有变到关键点位
: 我们先来看看 关键点位是怎么找出来的
: 整条 Spike上面其实还可以再更细分
: https://i.imgur.com/iV2LHuy.png
: 其中RBD是结合的重要区段
: 在RBD里面还有更重要的 叫做RBM
: 这边就是真正结合的区域了
: https://i.imgur.com/Qh5DYv5.png
: 绿色的是人类的ACE2，紫色的是SARS2的RBM
: 我们可以看到几个关键的位置被标记出来
: N501, Q493, S494, L455, F486
: 当然这只是其中一个模拟 (还有很多其他篇有标记更多位置)
: 所以只要突变是在Spike上 我们都会仔细看一下
: 如果突变位置坐落于 RBD 上，更要注意
: 如果 突变的位置 坐落于RBM上? 那真的得很小心很小心了
: 我们可以知道 RBM的范围在 438 ~ 506
: 所以我们来看看 各个主要的病毒株
: 标颜色的是在RBM范围内
: 南非: K417N, E484K. N501Y
: 英国: N501Y
: 印度: E484Q, L452R
: 因此 这些才会有名字 因为是特别被注意的
: 而只落在这里面 还不够当成会不会影响疫苗的依据
: 科学家还会做实验 推测这个位置带来的改变是什么
: 还有很多复杂的分析 就不多解释ㄌ
: 当然 我们只要知道在RBM里面就要特别关注就是了
: : 武汉肺炎病毒的序列大概每11天就会突变一次，
: : 这不是我说是Science说的，[3]
: : 如果序列不是真的一样、是指挥中心唬烂的，
: : 那当然是另外一回事，
: : 如果序列真的一样，
: : 来自跟华航完全不同的感染源，
: : 不知道已经跟华航感染源分道扬镳多少个11天的病毒株，
: : 出来完全一样的序列干屋抠宁，理组哥？
: : [1] https://cov-lineages.org/lineages/lineage_B.1.617.html
: : [2] https://reurl.cc/nn93nd
: : [3] https://science.sciencemag.org/content/371/6528/466
: 文章有点长
: 先感谢耐心看完的乡民唷~
: 大概是这样子
: 谢谢大家
不过看完这篇让我满满的疑惑
在做这次屏东的传播炼时定序做了好久好久才出来
如果从这篇的看来
我要确定是否是delta时 我根本不必全部找啊
我重点只找三个点就可以了
看完就可以发现是否是delta了啊！
那昨天拖了好多天才公布到底是...？
另一个疑问是
国外都可以详细到公布大部分新增社区感染
到底是属于那种优势变异
可见他们应该是针对确诊的病毒进行大规模的
基因定序？
那台湾看起来好像是CDC阿中认为有必要
才会做是吗？