Re: [问卦] 新冠疫苗防的住新冠肺炎 英国变种病毒吗

楼主: aeolus811tw (aekt)   2020-12-28 07:23:03
刚好一直有在追踪疫苗相关资讯所以回答你一点
武汉肺炎+英国DLC版的学名目前订为
SARS-CoV-2 virus B117 strain
这里可以看英国公布的病毒基因资讯
https://www.gisaid.org/references/gisaid-in-the-news/uk-reports-new-variant-te
rm
缩网址:
http://bit.ly/3nTxHDe
在讨论更深度的资讯前要先厘清一些资讯
这个变种在9月就侦测到了, 至11/30为止的采样显示出早就突变无数次
被称为英国DLC的原因只是因为这些突变种有共通变异点
https://i.imgur.com/sX73kas.png
如何看这个图:
B117系列早就有无数的分支, 这些还是简化过的
简化的方式为以核苷酸变种用圈圈来表示
圈圈越大代表连带性的突变量越多
一个圈圈的突变点也会有所不同, 只是因为有共同核心变种所以才归类为一个支线
而资料来源有部分还是来自其他国家的样本 (橘黄色圈圈)
所以这病毒早就已经离开英国了
现在才想封英国根本是表面功夫而已
在这版本出现前, 武汉肺炎平均一个月会有2~3个核心变异点出现
而这版是因为累积出23个主要突变点所以才被整合成英国收藏版
这里列出他最主要的指标变异点(上面的图有标示出来)
gene nucleotide amino acid
ORF1ab C3267T T1001I
C5388A A1708D
T6954C I2230T
11288-11296 deletion SGF 3675-3677 deletion
spike 21765-21770 deletion HV 69-70 deletion
21991-21993 deletion Y144 deletion
A23063T N501Y
C23271A A570D
C23604A P681H
C23709T T716I
T24506G S982A
G24914C D1118H
Orf8 C27972T Q27stop
G28048T R52I
A28111G Y73C
N 28280 GAT->CTA D3L
C28977T S235F
其他蛋白基因:
Orf8基因 (open reading frame 8)
这个在各个变异种之间其实是很不稳定的部分
今年中早就在世界各国检测到, 其中最知名的是新加坡第二波疫情
当时还搭配Orf7b变异, 不过该病毒株随着新加坡的管控下也消失了
其不稳定性要拿这来针对有点不太适合
这次的变异还有附加提前中断基码, 有可能让这蛋白完全失去效用
相关文献: http://bit.ly/34Nmnkw
N基因 (Nucleocapsid)
这个是棉花棒戳你鼻孔/喉咙深处采集来侦测是否有被感染的蛋白基因串
此基因是用来管理已被感染细胞中的病毒生产过程
相关文献: http://bit.ly/3hqqyHZ
ORFlab (orf1a polyprotein)
这个你可以把它看成武汉肺炎的血统证明
由于这个基因的独特性
在你的戳鼻孔/深喉咙样本中同样会被拿来侦测是否被感染
相关资讯: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/43740578
Spike 棘蛋白突变
这个刺蛋白的突变比偏重
多数是已出现过但是效果未知的趋同演化
如:
目前侦测到的南非DLC 501.V2 也有类似的N501Y变化
HV 69-70 deletion跟之前新闻有播的丹麦水鼬疫情一样有出现过
同样的这两个也是这次耸动新闻标题的主因
传染力是否有增加?
在有更多实验资料前都是未知数
单纯因为英国侦测方式一直都依赖N, Orf1ab 和 S蛋白
而因蛋白突变造成其中一个失效, 也因此多出了伪阴性
加上N501Y会影响到RBD (受体结合区域) - 跟细胞结合的部分
之前武汉肺炎综合抗体 LY-CoV555/LYCoV016 的研究指出要是RBD有变化就可能会影响效

虽然这研究并不包含N501Y区块
左++右++就莫名的出现了70%传染力这个说词
说实话没人知道这数字怎么求来的
个人猜测英国主流病毒株为这串只是因为侦错率过高的关系吧
RT-PCR本来就会随着感染天数和是否有症状而有上下起伏的伪阴性
从第一天的100%到第九天的13%都有
要是其中一个指标出错的话很容易就被误判为阴性
资讯来源: https://bit.ly/3nU8GYB
如果你看这资料, 你可以看到7月左右就有类似的突变, 9月开始冒出一点, 11月才暴增
目前各疫苗商都说他们不认为会影响到疫苗效果
尤其Modern / Pfizer 由于它们是让身体产生特定S蛋白碎片来形成抗体
要是他们没用到变更的部位应该就不会被影响
Oxford/AstraZeneca (阿斯利康)的疫苗用的是猴子身上取来的病毒经由基因改造而制成

跟另外两家的比起来应该比较可能被影响到
效果算是未知 (不过官方都说没影响了就观望看看)
这几天各家疫苗商也都在测试英国DLC, 等假期过后看公开资料就明了了
※ 引述《hayate232 (CY)》之铭言:
: ※ 引述《leo0873 ( )》之铭言:
: : 最近 很多新闻都在报道 新冠肺炎 英国变种病毒的新闻
: : 而前一段时间 也有许多关于新冠肺炎疫苗的报道
: : 但是开始有人想问
: : 到底新开发出来的新冠肺炎疫苗
: : 防的住 来自英国的 新冠肺炎 英国变种病毒吗?
: : 有没有八卦阿?
: 不就跟流感疫苗一样,猜病毒株阿..
: 但这个RNA病毒很强,传染力点到最高,致命性最低,让他有足够的时间感染 变异
: 就流感的经验来看,就算猜错病毒株,也有一定的防护力。
: 只是这个传染力太可怕..真的不知道要多久传染力才能降到现在流感等级
: 解药这东西就别想了QQ
作者: s7887177 (Egg)   2020-12-28 07:25:00
太长了先推吧
作者: momocom (momocom)   2020-12-28 07:27:00
sinovac的呢?
作者: hayate232 (CY)   2020-12-28 07:29:00
干 我对RNA病毒认知只有国中程度拉 但还是给推
作者: leon771170 (许肥)   2020-12-28 07:36:00
英国废物滚回台囉
作者: mesenchymal (間葉)   2020-12-28 07:38:00
嗯嗯 好文推,所以有人说不要说strain 要说B117 lineage我不觉得AZD1222比较会受影响,他们是用 adenovirus当载体包S-protein DNA template另外分享目前我看到最好的 threadhttps://bit.ly/34JK3pS
作者: aaagang (我...)   2020-12-28 07:50:00
我都唸IKEA 这种没办法回
作者: wowen   2020-12-28 07:54:00
作者: vizcacha (阿法法)   2020-12-28 07:55:00
推认真文,希望疫苗效果不被影响...
作者: yamhome   2020-12-28 07:59:00
作者: iamstrapless (Sprache!Q)   2020-12-28 08:14:00
高二之后没唸过生物的人看不懂啦 但是专业给推
作者: Lailungsheng (原来我是萧远山...)   2020-12-28 08:14:00
我也这么觉得
作者: hugo0015227 (小黑)   2020-12-28 08:14:00
专业给推 但我看不懂
作者: fish1919 (blue)   2020-12-28 08:16:00
作者: SeaForest (~海森林~)   2020-12-28 08:20:00
结论勒
作者: ch333 (333频道)   2020-12-28 08:26:00
感谢 请问假期过后还会分享测试结果吗
作者: ghghfftjack (欲望深厚的老衲)   2020-12-28 08:29:00
虽然看不懂 不过知道了还没个结论这点
作者: qqwer0309 (qqwer0309)   2020-12-28 08:30:00
作者: mesenchymal (間葉)   2020-12-28 08:36:00
结论他有写啊,专家评论目前的突变株应该不影响现在
作者: cephana   2020-12-28 08:36:00
结论有点怪, 你自己都写了新变种有好几个S protein mutations, 你怎么会觉得针对spike设计的Pfizer和Moderna mRNA
作者: xru03 (KCC)   2020-12-28 08:41:00
作者: mesenchymal (間葉)   2020-12-28 08:42:00
目前突变不够多,一个 S-protein很大,疫苗所引起的免疫系统会辨一堆S-protein的片段区域。简单讲就是一个艺人去做小针美容你还是认得他的脸。
作者: rrr518 (理沙)   2020-12-28 09:00:00
主要是RBD内的RBM啦,有疑虑是因为N501Y这个突变让疫苗有不确定性,因为这是一个重要结合点位,N501是确认会影响细胞中和,但N510Y没有文献证实。另外那个不叫做学名,只能说是这一个lineage 或strain的代号另外一个月有2~3个核心突变?这个资料来源在哪?这个数字不太对,现在全世界主要的其实也只有D614G这个分支,其他分支也是了三个月出现一次,而且也消失了。如果要看long term 的话其实很低
作者: pchome321 (wendy)   2020-12-28 09:18:00
作者: runaticsora (ru)   2020-12-28 09:39:00
武汉肺炎pro
作者: raxjimmy (BB蛋)   2020-12-28 09:43:00
专业

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