利利斯在补完进行时，将主导权交给真嗣，然而后来真嗣放弃补完，导致补完失败。
一心想要完成补完的SEELE为什么没有排除掉驾驶员的影响，以及确保利利斯会完成补完?
SEELE一定是不知道驾驶员能主导补完，所以才没有早早除掉他们。
事实上他们的推想也没有错，零让真嗣主导的确只是偶然。
因为如果没有美里的保护和支持，他就算没被杀死也不会想上去初号机。
SEELE不知道利利斯的灵魂就在零身上
利利斯的灵魂就附在零身上SEELE并不知情，碇源堂也避免让他们知道。
在TV版中有SEELE要传换零，碇源堂拒绝，改让赤木律子代替，
就是要避免被SEELE发现。(还被脱光光，真不晓得这有什么意义)
否则SEELE应该会反对零身上有着利利斯的灵魂，还过著和一般人一样的生活。
因为这可能会让零受到别人的影响，对补完造成不利因素。
而事实也证明，零被真嗣所打动，进而让他主导补完。
碇源堂为何要隐瞒零就是利利斯这个事实?
碇源堂为何要让利利斯的灵魂附在零身上，到处自由活动呢?
因为碇源堂心中的计画，并不是要完成补完，
而是只要让自己的灵魂上到初号机，与他挚爱的妻子碇唯相见。
为了达成这一个目标，他需要利利斯的帮助
所以他才要通过与零培养感情来控制她
但是最后零察觉到碇源堂只是在利用他，而不是真心对她好
与真嗣的诚恳相比较，零的心倒向了后者
所以在剧场版的时候，零才会对碇源堂说:“我不是你的玩偶”
以及“真嗣在呼唤我”接着就去执行补完了。
所以结论是:
1.SEELE以为利利斯会完成补完，不会被别人影响
2.SEELE不知道零身上的灵魂就是利利斯
3.SEELE不知道零与驾驶员有了感情
4.SEELE不知道零会因此受到影响，甚至让他人主导补完
5.以上4点的成立，很大一部份是由于碇源堂想要实践自已的计画所导致，
尽管这不是碇源堂的本意。
6.所以事实上，碇源堂也犯了一个错误:“让零与真嗣太过亲近”
导致零发现了他的虚伪，最后零不听他的。