虽然郑文升成功强化文芳商号的武装力量，然而这也带给文芳商号沉重的财政负担。为此
郑文升也针对文芳商号展开一系列组织与财务改革。
港主制度
文芳商号在暹罗、广南国(南越)、郑主(北越)、文莱、吕宋以及马来半岛各处皆有商贸据
点为其带来庞大利润，刚开始这些据点依然主要听从郑文升的号令发展壮大。然而随着与
亚齐苏丹国的竞争与日激烈，加上港务的事务处理变得更加复杂，郑文生开始在各个地区
指派港主作为主要管理人员。
早在郑文升开辟吉兰打的商贸时，他便指派郑芳扬作为港主协助管理港务以及商贸相关事
宜。随着商贸地点扩大，郑文升逐渐完善港主制度。而这些港主往往具有庞大权力，他们
旗下往往具有多个头人，协助掌控当地的华人势力，除此之外，港主也可以掌控各港口文
芳商号的进出口货物，并代表文芳商号与该地区的苏丹、酋长或是国王进行谈判。然而港
主的权力不仅于此，港主还有一个重要更加重要的权力，那就是—放贷。
这些港主能够手上港口贸易的部分收入，即时性的借贷给东南亚各处酋长、苏丹甚至是国
王。一旦这些城邦或是国家需要更大资金时，他们也将做为桥梁让郑文升能够借贷更多资
金给这些有力人士，并进而逐渐掌控所需的情报，甚至左右该国的决策。
而为了避免港主私下或是堂而皇之地带着资源跳槽到对立势力，郑文升设下多重保障。第
一，郑文升所指派的港主主要以族内亲戚与姻亲为主，如刚刚所提到的，郑芳扬便担任登
嘉楼地区的港主。第二，虽然港主掌握港务，然而贸易所需的船队依然掌控在郑文升的手
里，借此他能够左右港主手上港务以及商贸相关的收入。最后，郑文升透过改善会计的方
式，达到能够更加清楚掌控港主的效果。
六部结帐法
华人传统的四柱结帐法主要记载旧管、新收、开除与见在，分别对应期初余额、本期增加
额、本期减少额与期末余额。郑文升参考葡萄牙人会计的方式，开创了六部结帐法，六部
结帐法分别记录：在管(总资产)、债则(债务)、开除(费用)、总收(收益)、余收(利润)、
现余(所有者权益)。此六部会在每季皆进行结算，并将此六部分别单独建立成册，唯有六
部皆能核对才算结算完毕。运用六部结帐法，郑文升能够完整掌控各地港主的支出、收益
与现有的财力，同时六部结帐法也象征东南亚社会进入商业革命的时代。