有关这个问题要从四点来看：
晚清皇权的旁落、李鸿章的尽力维护、八国联军的性质、欧美日国利益不均。
1.晚清皇权旁落在慈禧手上
辛酉政变后，咸丰皇帝的皇权一分为四块(慈安、慈禧、同治、恭亲王奕䜣)
他们彼此能够相互的制衡，即使慈禧想要做什么事情，
都还是要尊重一下姐姐(慈安)、小叔(恭亲王奕䜣)和儿子(同治)的意见。
而且那时候的整体氛围大家都知道慈禧还不是权力最大的那个人。安德海被杀事件，
很难不说是慈安和同治杀安德海给慈禧看，以及左宗棠称慈安叫“上边”而非东边。
都意谓著慈安才是整个朝廷的最高仲裁者(Lorenzia语)。
但是等到慈安和同治以及奕䜣过世之后，大多数的皇权都流往慈禧手上，
光绪皇帝所拥有皇权是相当少的，袁世凯在戊戌政变前向慈禧告密，
就是知道真正的权力掌握在慈禧手中。而后在戊戌政变之后，
光绪皇帝所拥有的皇权就被剥夺。庚子事变前后，慈禧处于完全的专断，
在那时她已经是真正的大清帝国皇帝。欧美日诸国要处罚另一个国家的最高权威，
是要付出很大的政治社会成本。所以欧美日诸国如果放弃处罚慈禧，
而换得其他地方让步，是非常划得来的，而且较为实际的。
2.李鸿章的极力维护
在名义上，李鸿章把义和团事变讲成是义和团挟持了两宫(慈禧和光绪)，
所以宣战诏书是“矫诏”，来规避慈禧在这场事变中的责任。
在实际上，李鸿章应该是用《辛丑条约》某些条款的让步来换取欧美日诸国不追究慈禧，
我的猜想是很有可能是赔款问题的让步，《辛丑条约》要求清廷赔偿四亿五千万两，
这根本完全超乎了清朝当时的国力，但是李鸿章却同意了。
而且这种做法很常见于晚清对外条约，
用钱或者减税来换取欧美日诸国政治上的不行动(驻使北京的问题等等)。
3.八国联军的性质
八国联军总数5万，也就是每个国家各出几千人，
意味着各国政府当时的想法是军事制裁以及维护自身使馆的安全，
没有想要占领中国各地区成为自身国家殖民地。
4.欧美日诸国利益不均
如果要处死慈禧，必须先抓住她，她根本不可能乖乖束手就擒，
暂且不说东南各省督抚是否会北上相助，光是去到西安，
八国联军最少要从沿海地区一直打到西安所在地的话，
那么至少要占领中国北部区域，这是八国联军(总数5万)根本做不到的事情。
假如真的打爆中国北部抓住慈禧并且处死慈禧，
这一连串的过程会导致清代中央政府瓦解，中国会陷入内乱。
1899年“门户开放政策”再也无法限制欧美日诸国，
结果可能就跟非洲一样来一个中国大猎（Great China Hunt）是瓜分风潮的终极版，
而且中国大猎最大的受益者一定是领土相邻的俄国和日本，
损失最大的可能是美国和英国，因为美国和英国是中国最大贸易国之一。
另外奥国不愿意看到俄国在亚洲过度扩张，德国不愿意看到法国有机会占领中国南部，
日俄战争的诸国争霸加强版可能就在中国各地展开，
这是欧美日诸国所不愿意见到的。
最后，其实处罚名单的变化，可以显示当时的李鸿章的秘密外交和各国利益之纠葛，
可是我们始终都不清楚原始名单以及后来名单上的变化，只知道去掉了慈禧，
因此我真的很好奇走向共和第28集的174个祸首名单(不包含慈禧)，
这个数字从何得来的。
※ 引述《happygo (黑皮狗)》之铭言：
: 标题: [问题] 列强为何在"祸首名单"放过慈禧太后?
: 时间: Fri Jul 17 00:18:22 2015
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: 怎么想都觉得很怪
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: 列强本来就很不爽慈禧 毕竟是她挑衅向8国宣战的啊
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: 而且杀了慈禧 列强就可扶正改革派的光绪
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: 这对于列强在中国的利益应该是好上加好
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: 怎么本来要列为祸首的太后 到最后居然被除名了?
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: 这中间的转折有点让人无法理解说~
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