画树 不是什么机密啦
只不过要先转成序列
光这个就有些事情要思考
像是transition transversion的差别
然后还有2-fold 4-fold non-fold三种位置要考虑
然后画树ㄚ
还要挑模型
这个模型很多种 老实说蛮难选的
很多人都乱选 会影响结果
然后我们这样产生出来的序列
有一些常用的model不接受
因为分歧度太大
模型挑完还要选方法
这个方法也很多 有考虑synonymous nonsynonymous
也有考虑 number of difference
或者考虑 trans tranv 改变
之类的很多很多
然后分析完还要稍微看一下结果跟data是不是对的
再去修正model问题
当然要学也不是不行
反正这种好玩的东西 随便选一下能跑就可以了啦
不过如果要把结果弄的比较可信的话
不是很简单就能学会的事情
可以说是google也找不到资料的