可以试试看心智图来做笔记，推荐使用XMind 这套软件，
http://actsmind.com/blog/software/xmind3download
除了做读书笔记之外也可以用做其他发想思考的笔记
http://www.playpcesor.com/2016/12/mind-map-tips.html?m=1
可以云端同步
http://www.playpcesor.com/2016/07/xmind-xmind-cloud.html?m=1
也可以汇出到Evernote
http://www.playpcesor.com/2015/10/xmind-evernote.html?m=1
功能很多，或许能满足您的需求，
一直转电脑玩物的连结是因为我很喜欢他的文章，实用性极高。