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电影开头就致敬当年崔妮蒂打电话被窃听的桥段，
对话、服装、动作都是那么的似曾相识，
但透过旁观的蓝发女解释让观众知道这是模拟场景，
目的是让黑人史密斯探员，一个尼欧创造出来的虚拟程式人物觉醒，
让他知道他其实是莫斐斯...他们要一起去拯救再次被母体控制的救世主。
而当年锡安大战后应该为和平牺牲生命的尼欧，则被取代上一代造物主的"分析师"
用困难的技术跟崔妮蒂一起复活，再把他们摆进新母体中，
让他们接近彼此，但保持一定的距离，以获得最大的能量，
而机器城市也分裂成两派互相战争，赢家"肃清"了反对者建立新母体，
战后愿意跟人类共处的机器、程式，就跟脱离锡安的一群人建立另一个城市"艾欧"，
里面有高科技模拟的天空，程式从母体撷取技术协助种植出来的蔬果，
而这个城市的指挥官是当年的奈欧碧舰长，在锡安和机器城市之间取得平衡。
被放进新母体的尼欧，被长期伪装成他的心理师的分析师用蓝色药丸控制，
变成了设计出骇客任务三部曲的游戏设计师，以为那些前世的片段是他的幻觉，
直到他设计出来的角色变成穿着橘色西装的莫斐斯出现在他眼前，
公司的老板捡起手枪化身变了脸的史密斯，他才知道这一切都是假象，
吞下红色药丸，再次从培养舱中醒来，被救走前惊鸿一瞥发现了崔妮蒂，
但崔妮蒂同样也被蓝色药丸控制，
以为自己在母体中是个喜欢重机、有了家庭的平凡女子蒂芬妮，
不让她自行选择就强行救出她会让她崩溃，因此尼欧一行人进入母体打算去说服她，
但分析师技高一筹，从子弹时间中得到灵感，控制时间的快慢让尼欧无法行动，
用崔妮蒂的生命来威胁尼欧，不乖乖回到母体，她就会死。
靠着当年的程式小女孩沙谛的计画，最后尼欧进入母体与分析师谈判，
要求让崔妮蒂自己选择要留下或脱离母体，否则我就拔插头自杀，大家都没好处。
想当然，最后崔妮蒂觉醒，选择与尼欧携手逃走，
分析师大怒，把母体的人都变成电脑人用来阻止他们，
电脑人大军就像丧尸一样攻击，甚至群起高空弹跳当自杀炸弹想砸死他们，
最后千钧一发之际，崔妮蒂和尼欧在大楼边缘一跃，看似即将坠落之时，
崔妮蒂一把抓住尼欧飘在空中，她也会飞了，就此逃离新母体，回到真实世界。
顺利逃出母体后，他们回去找分析师，爆打他一顿，
分析师说人类就是不想离开母体，你们想像从前一样说服人类是行不通的，
崔妮蒂跟尼欧告诉他，那我们就用新的方法，我们会自由改造母体，
放话完，两个人就一起飞走...The End。
整部电影2小时半，相当冗长的时间内，讲述的内容相对少得可怜，
除去大量致敬的画面后，不管是武打或特效都没有当年骇客任务的惊喜，
史密斯没有雨果威明的压迫感，虽然一直强调他跟尼欧的二元论，但非常影薄，
少数几个前作回归演出的角色之一，梅若宾基恩
像个流浪汉一样出来碎念几句就没了，原本期待他会扮演更重要的角色，
或至少带几个像白发双胞胎的打手来场精彩的打戏，但也没有，
分镜混乱且破碎，除了情怀之外实在乏善可陈，似乎是想铺垫续集，
片尾画面原本以为会有什么，但也只是小小幽默一下现在的社群网络生态。
整部电影不论是作为续作或想开创新局，力道都不足，
导致旧作粉丝或新观众，看完大概都很难产生共鸣，
如果不是看在基哥演出，这篇大概也会是给纯粹负雷。