我昨天也遇到一样的问题。
花了整个下午，打电话给发卡银行跟财政部电子发票整合服务平台。
最后结论是iBon有问题。
我猜是因为联名悠游卡的悠游卡卡号跟一般的长度不同。
最后是让财政部电子发票整合服务平台的服务人员登入我帐户帮我归户。
你可以在iBon上先查询悠游卡号码及验证码，路径：
生活服务 > 电子发票 > 财政部电子发票整合服务 > 悠游卡帐号申请
点选同意页面之后感应悠游卡，就会出现卡号及验证码，
不想拍照记号码的话，下一页可填Email寄给自己。
然后到财政部电子发票整合服务平台（www.einvoice.nat.gov.tw）登入后，
在归户设定里，用卡号跟验证码自行归户即可。
※ 引述《mainsa (科科)》之铭言：
: 大家好
: 电子发票这东西很方便 所以我早在电子发票一问世以来就做好各种处置
: 比如说办手机条码 并把所有悠游卡 全联卡之类的都归户到自然人凭证里面
: 也设定帐户和自动兑奖 深深觉得很方便
: 但现在问题来了 前一阵子我刚办了两张联名信用卡
: 一张是 KGI 悠游钛金卡 另一张是 大众 爱现钛金卡(ICASH)
: 因为也用了两个月 电子发票也都存在里面没印出来(取代原本常用的悠游卡和ICASH)
: 不过我一直都没有归户 因为我没有感应读卡机 导致这只能在7-11归户
: 但问题来了 刚刚我特地带着自然人凭证去7-11用IBON归户
: 结果很神奇的两张都归户失败 而且都秀出一样的讯息
: "此卡片已被其他使用者注册"
: 但我印象中 以及刚刚才GOOGLE后得到的资讯显示
: 正常来说 不管是悠游联名卡或ICASH联名卡 应该都要自己归户才对啊
: 而且在我手机条码和自然人凭证里的已归户载具也都没有这两张卡的资讯
: 有人可以看出这是怎么回事吗?
: 还是现在规定有改? 联名卡的悠游卡和ICASH会被自动归户到??处
: 还是我有什么办法可以处置啊? 不能归户就像断手断脚一样 很不方便啊
: 或者假设一张载具已经被归户了 我要怎样查出那个载具是被什么东西归户的吗?