1950年7月13日，出生于英属香港九龙油麻地广华医院[12]。是家中五个孩子里唯一的儿子。英九在家中排行老四[2]，小名弟弟[13]。
1952年随双亲移居台湾。先后毕业于台北女师附小、大安初中、建国中学、台湾大学法律系。民国57年(1968年)夏，参加成功岭大专集训班，分发到二团十五连。在开训典礼中代表一万多位学兵，向主持典礼的国防部长蒋经国宣誓[14]。民国61年(1972年)，日本与中华民国断交，与同学至机场对椎名悦三郎示威，用鸡蛋砸中其座车[15]。
大学毕业后后入伍服海军预官役，任职于左营海军司令部少尉后勤军官。
1986年6月加入国民党，旋即出任小组长及区委[16]。
1974年，取得国民党中山奖学金赴美国留学。1976年，获得纽约大学法学硕士（LL. M.）学位，同年与大学同学周美青结婚。
1980年11月长女马唯中在美国出生。1981年，获得哈佛大学法学博士（S. J. D.）学位。留美时期成立反共爱国联盟，担任美东区理事。并担任《波士顿通讯》主编五年，撰文批判台独、党外及海外左派，屡次获中央海工会奖励，总计写了十余万字。罗智强表示，因为都是“反台独”的“爱国文章”，不能就说马英九是职业学生。
1981年(民国70年)，在钱复的推荐下，返回台湾担任时任总统蒋经国先生的英文口译。
1982年(民国71年)，马英九以非公务人员身份担任总统府第一局副局长，1986年 (民国75年) 通过甲等特考[17][18][19][20]。
1984年(民国73年)，出任国民党中央党部第三副秘书长，负责政党外交工作。
1988年(民国77年)，出任行政院研考会主委[21][21]，兼行政院大陆工作会报 (陆委会前身) 执行秘书。
1990年任国家统一委员会研究员。
1991年升任陆委会副主委兼发言人，并当选国民党不分区国民大会代表。进入内阁核心[编辑]
辩护国民党政策，反对总统直选、支持委任直选
参见：总统选举办法修宪过程
1990年因国民党发生后蒋经国时代最大政争，分裂成主流派与非主流派，动荡的政局，引发了野百合学运，李登辉总统应民意的要求召开国是会议，会中提出总统直选不同版本。马英九是当年国民党修宪小组的主导人，坚持反对由人民直接选举，主张维持由国代委任直选。1992 年3 月，民进党及无党籍国代合组“总统直选联盟”发动419大游行，上万群众走上街头。1993 年1 月李登辉赴国大临时会发表国情报告，民进党提出请听“台湾人民的声音”的国是建言，朝野国代爆发激烈的肢体冲突。经过多年努力，最后李登辉做出总统直接民选的决定，终于在1994 年7 月28
日，通过修宪改为总统直接民选[22][23][24][25][26][27]。1993年，连战出任行政院院长，马英九受邀出任法务部部长。[28]
1994年，将“中央肃清烟毒协调督导会报”改组为“中央反毒会报”，压制毒品供应与需求。[29][30][31]
1993年时，社会上时常发生原住民少女遭诱拐卖淫的童妓问题，引起社会震怒，时任法务部长的马英九在出席反童妓路跑时，宣示有很大的决心消除童妓，1995年时通过“儿童及少年性交易防制条例”，此后相关的犯罪率降到原本的1/10以下，终结台湾童妓问题。[32]
1996年，誓言大力查贿。半年内，在全台883位县市议员中起诉了341位，里面的国民党议员跑去告状，说马英九“动摇党本”。在党内压力下，6月10日，被调任为政务委员[33]。马英九查贿肃贪差点铲掉国民党基业，最后因此被撤换，李登辉私下斥马用批评党来建立个人声望，“国民党差点被他搞垮”。[34