这部开头延续旧版结局，时间是X教授死后一年，由于缺少了X教授令X战警们士气一片低迷
，同时琴葛雷身怀六甲试图劝独眼龙一同退隐，令独眼龙在家庭与教授遗志间感到两难。
一次营救行动中，X战警们意外发现哨兵科技已流落在外被反变种人团体取得，差点陷入苦
战，但还是成功救出被俘虏的少年罗伯托（太阳黑子）。在追查哨兵科技外流源头的过程
中琴葛雷试图从盖瑞奇的脑中找出崔斯克的所在地，但意外看见令人不安的不明影像。随
后X战警前往撒哈拉沙漠与崔斯克率领的哨兵残党大战，最终成功摧毁了哨兵母体并将崔斯
克逮捕到案。
然而当X战警返回学校之后却赫然发现万磁王已在等候他们，没想到X教授留下的遗嘱竟要
万磁王继承他的事业。
尽管X战警众人都不信任万磁王，但万磁王却不断用行动证明自己已经洗心革面。最后更答
应联合国的要求束手就擒接受审判。但在审判过程中反变种人团体袭击了联合国大楼，一
个名为X制裁者的恐怖份子更身拥大量对付变种人的武器令X战警们陷入苦战。于此同时，
留守在学校的琴葛雷突然临盆在即，金刚狼唯有慌忙将人带往医院，而远在联合国大楼的
独眼龙也在伙伴们掩护下脱身前去与琴葛雷会合。
最终，X制裁者趁著所有人忙于应付暴动的时候开枪试图暗杀万磁王，但被暴风女挺身挡下
，然而由于这枪所带的特殊辐射竟令暴风女永久丧失了超能力。眼见于此，万磁王怒而将
联合国法官与X制裁者等人带往高空，但却没下杀手，而是再度重述了自己继承X教授理想
的决心，最终联合国特赦了万磁王，并承认变种人国家吉诺沙为会员国。
事件结束后，独眼龙终于愿意信任万磁王，决定将X战警交给他后带一家隐居。然而暴风女
因为无法接受自己失去超能力而选择不告而别，金牌手因为发现小淘气与万磁王旧情复燃
而妒火中烧，金刚狼也似乎对琴葛雷与独眼龙的幸福生活感到吃味，看似风平浪静的台面
下仍然暗潮汹涌。
就在此时，门外突然出现了第二个伤痕累累的琴葛雷向X战警求助！