达成游戏全成就，能找到的情报应该是都找到了，
把剧情整理一下，将来想复习时比较方便。
内容有加上很多个人的臆测，可能有错误和遗漏，还请不吝指教。
当然，有严重剧透。
防雷页可跳过不看
观自在菩萨，行深般若波罗蜜多时，照见五蕴皆空，渡一切苦厄。
舍利子，色不异空，空不异色；色即是空，空即是色。
受、想、行、识，亦复如是。
舍利子，是诸法空相，不生不灭，不垢不净，不增不减，
是故空色无色，无受想、行、识；
无眼、耳、鼻、舌、身、意；无色、声、香、味、触、法；
无眼界，乃至无意识界；无无明，亦无明明尽；乃至无老死，亦无老死尽。
无苦、集、灭、道，无智亦无得。以无所得故，菩提萨埵，依般若波罗蜜多故，
心无罣碍，无罣碍故，无有恐怖，远离颠倒梦想，究竟涅槃。
三世诸佛，依般若波罗蜜多故，得阿耨多罗三藐三菩提。
故知般若波罗蜜多，是大神咒，大明咒，是无上咒，是无等等咒，能除一切苦，
真实不虚。
故说般若波罗蜜多咒，即咒曰：“揭谛、揭谛，波罗揭谛，波罗僧揭谛，菩提萨婆诃。”
防雷页可跳过不看
～正文开始～
故事是以未来科幻世界为背景，人类发现一种崭新的能源“极源流体”，
开始对这种能源展开研究。
剧中最重要的人物──伊莱拉・雪莱，是一位才华横溢的新人科学家，
被曼帝斯集团雇用，不出几年就研发出当时最高效的极源流体转换法。
然而，曼帝斯集团违背与伊莱拉的承诺，计画将研究成果用在军事兵器上，
伊莱拉因此愤而离开曼帝斯集团。
（以上为记忆碎片01～05的相关内容）
离开曼帝斯集团后，伊莱拉找上她认为与自己理念相近的W.B.LAB求职，
成为该研究小组的一员。
小组以所长耶利米・格林贝尔，组员赛瑞斯・格兰特、哈伯・特纳、阿斯卡・米德尔顿、
以及伊莱拉一共五人所组成，伊莱拉与同事们相处愉快，渡过了美好的一年。
（以上为记忆碎片06～17的相关内容，过去事件漫画“曾经”也是这段时间的故事）
好景不常，他们的研究遇上瓶颈，
此时，赛瑞斯想到了以生命为素材来取得极源流体的方式，并告知伊莱拉。
两人认为这种方式过于不人道，决定先把相关发现向另外三人报告，
希望能改善并找出更好的方法。
不料，耶利米等三人却认为这样的方向值得一试：
要得到理想的成果，自然要付出必要的牺牲。
伊莱拉与赛瑞斯无法接受这种看法，双方发生激烈的争执，
最后伊莱拉与赛瑞斯与其他三人分道扬镳。
（以上为记忆碎片18～22的相关内容）
为了补救，伊莱拉与赛瑞斯拼命地研究，希望找出更好的方式，
好阻止耶利米等人继续非人道的实验。
皇天不负苦心人，两人有了成果，发现不必以生命为素材，
又可以让能量更安全稳定的方式，伊莱拉兴奋地与耶利米联络，
想要说服对方改以新的方式来进行研究。
（以上为记忆碎片23～27的相关内容）
不幸的是，耶利米等人这边的研究，发现伊莱拉本人是极为理想的转换素材，
两人见面时，耶利米狠心地把伊莱拉推进转换机器中，
将伊莱拉变成强力的极源流体动力来源──“极源生命体”。
（以上为记忆碎片28的相关内容，过去事件漫画“救赎？”也是这段时间的故事）
牺牲伊莱拉让W.B.LAB的研究取得巨大的成功，靠着这个成果，
W.B.LAB加入曼帝斯集团，以极源生命体开发军事兵器。
耶利米一路平步青云，最后成为联合舰队旗舰“神山号”的舰长。
神山号带着极源生命体，领着联合舰队一起踏上征服开发未知外星的旅程。
另一方面，与伊莱拉失联的赛瑞斯，一路循线调查，潜入了神山号，
希望找到伊莱拉的下落。
（以上为过去事件漫画“序章”的故事，赛瑞斯在此时潜入神山号
则是个人依据第二章区域５哈伯的回忆剧情做的猜测）
联合舰队发现了一颗星球，星球上的一种巨兽“杜拉”，
因为能够翻动土壤让植物重新生长，被居住在星球上的栖息者们当作大地之母崇拜，
地球人捕获了两只杜拉带回去研究，此举自然惹怒栖息者，
栖息者之王便领军向地球人开战。
地球人方以此为契机，准备测试他们的王牌：
安装了极源生命体、拥有毁灭性力量的“终结兵器”。
事与愿违，伊莱拉根本没办法控制这样的力量，终结兵器启动后便完全失控，
不分敌我的疯狂攻击！
等到神山号勉强回收极源生命体时，神山号的人工智能系统“狄伦”向耶利米报告，
联合舰队与这整颗星球，都已经不在原本的时空了……
（以上为记忆碎片29～30的相关内容，过去事件漫画“余波”也是这段时间的故事）
（在第三章区域４会看到许多栖息者的壁画，是这段故事的重要线索）
（双方开战及地球人测试兵器的理由是我自己猜的，应该合理吧）
这场由极源生命体引起的大灾难毁灭了星球上大半生命，
栖息者被迫躲到资源极为有限的泥窟中生活；
联合舰队剩余的航舰打算直接回到千年后的地球而试图返航，但出发后便从此失联，
留下的神山号则是靠着筛选适合者转成能源来维持动力，
同时无所不用其极地要找出回到原本时空的方法。
（千年后这个数字及航舰返航这件事是第三章区域５的卡洛斯・班克斯的记忆中提到的）
一名生物学家瓦伦蒂娜发现星球上的生物寿命普遍很长，
是因为一种植物会寄生在其他生物上，大大减缓生物肉体的衰败速度，
但这植物同时会介入干扰宿主的神经系统。
瓦伦蒂娜将此发现回报哈伯，哈伯初步研究后回报耶利米，
耶利米看上这种植物控制神经系统的效果，
认为这或许能用来加强对极源生命体的控制，在与狄伦讨论后，
开始让哈伯全力研究这种植物。
（耶利米与狄伦的讨论，就是过去事件漫画“狄伦”的故事）
（瓦伦蒂娜是一名可在第三章区域５找到的感染者）
哈伯的其中一项实验，是下令选出了两千名幼童，与植物进行物种嵌合实验，
结果这些幼童产生变异，成了诡异的嵌合兽。
（两千名这个数字是第三章区域５的感染者罗伯・海因莱茵的回忆中提到的，
游戏中能找到的嵌合兽编号最高为C-1763）
（推测均为幼童是因为同个回忆中提到有筛选年龄，
而游戏中登场的嵌合兽年龄范围是3到7岁…）
大约与此同时，耶利米想出一个计画，就是再做出一个极源生命体，
让两个能量体互相拉扯，创造出可以控制的时空出入口。
这个计画似乎不怎么顺利，复制出的次等品虽然相对稳定，
但品质和本体相差太远，牺牲许多人仍然无法突破现况。
（以上是个人依据第一章区域６的感染者们的记忆内容做出的猜测，
另外第一章区域３的感染者法布利奇奥・曼奇尼的记忆中也提到
"还要再制造另一台"）
大灾难过后一年多，潜伏在神山号上的赛瑞斯终于行动了，
得知伊莱拉下场的他，誓言要杀死三位昔日的同事，为伊莱拉报仇。
赛瑞斯先是入侵系统删除耶利米等三人的重生权限，
再窜改资料让狄伦无法追踪他们的位置，接着找到并枪杀了阿斯卡。
其后，赛瑞斯到哈伯的研究室找到哈伯，冲突中赛瑞斯不慎打破隔离实验植物的装置，
最后赛瑞斯杀死了哈伯，而植物的胞子开始随着紫色的气体向外传播……
因为赛瑞斯先前的入侵，让防护系统产生延迟漏洞，这场生化危机一发不可收拾！
吸到紫色气体的人通通变成了如同僵尸的感染者，包括赛瑞斯也没能幸免。
耶利米眼见灾情惨重，在交代狄伦维持神山号运作并全力保护舰上的研究成果后，
离开航舰避难去了，而为了节省有限的资源，耶利米还要狄伦整理一份名单，
叫狄伦将名单外的成员全数抹杀。
（以上内容是整合自第一章区域５的阿斯卡、第二章区域５的哈伯、
第四章区域２的赛瑞斯、第四章区域６的洛琳・罗德妮的回忆剧情）
就这样，神山号成了充满紫色植物和感染者的废墟，这时不知道什么原因，
被封在终结兵器中的伊莱拉用自己的记忆为代价，
唤醒在神山号下层被复制的极源流体分身，
想设法让自己的本体重获自由。
狄伦虽然察觉并消灭了分身，但保全机制已被破坏，狄伦保护神山号的能力也因此下降。
或许是发觉了神山号的防护没有先前严密，抑或是资源减少的无奈选择，
栖息者之王决定带领族人向神山号进攻，好将神山号改造为新的家园。
不知道花了多久的努力，
栖息者总算在神山号上层找到了当初被地球人捕获的其中一只巨兽杜拉，
期望杜拉能够再度让大地恢复生机的栖息者们，将杜拉带回去努力养育，
然而，这只杜拉因为某种原因早已变异成疯狂的凶兽，
但栖息者还是紧抓住这仅存不多的希望……
这期间，伊莱拉依然持续创造唤醒新的分身，
但这些分身始终没能接近伊莱拉的本体就牺牲了，
伊莱拉的许多记忆也化为残骸碎片四散在神山号各处。
其中一群分身在下层聚集融合，抓捕并吸收在它附近的感染者，
日后成了如同植物与黏液混合的巨大怪物“错误集合体。”
伊莱拉、栖息者、狄伦…各自抱持着不能放弃的信念，在神山号上持续不断地战斗，
岁月如梭，三十年后，这场长期抗战终于要画下句点……
（以上这一串内容，是个人依据主线剧情做的推测）
（游戏中没有详细交代杜拉变异的原因，栖息者认为是地球人害的）
（另一只杜拉有出现在第四章区域４战车大对决时的背景中，好像已经死了？）
（错误集合体形成的原因不明，官方脸书粉丝专页倒是有提到它们抓捕感染者的原因：
需要更多人类的脑来负荷不稳定的庞大意识）
伊莱拉唤醒了一个特别的新分身──MO，
在伊莱拉的引导之下，为了完成使命不断前进。
打倒聚集悲惨灵魂的“错误集合体(The Errors)”（游戏第一章）
摧毁栖息者的砲台“致命陷阱(Fatal Trap)”（游戏第二章）
杀死发狂的巨兽“杜拉(Doula)”（游戏第三章）
最后击败最大的阻碍“狄伦(Dylan)”（游戏第四章）
然而当MO与伊莱拉近在咫尺时，
伊莱拉想起自己被背叛的愤怒，瞬间被强烈的仇恨吞噬，
感到害怕的MO虽然一时止步，但在伊莱拉强制操控下，
MO再次启动当初造成大灾难的“终结兵器(Final Termination Weapon)”
为了阻止大灾难再度发生，MO不得不和伊莱拉──
“极源生命体(Extremergy Life Form)”
展开最终决战！
决战后，终结兵器被破坏，MO终于解放了伊莱拉，拼著最后的力气，
MO把一路蒐集到的记忆碎片，连着自己一同归还给伊莱拉……（游戏第五章）
结局一：复仇之途
与MO融合的伊莱拉，没能回想起全部的记忆，内心依旧充满著愤怒和仇恨的她，
决心要找出那残存的元凶：耶利米・格林贝尔，迈向复仇之途……
结局二：最初目的
与MO融合的伊莱拉，回想起所有的一切，也回想起自己的最初目的。
虽说非己所愿，但自己确实抹杀了无数的生命，
这让伊莱拉认为变成极源生命体的自己是不该诞生的存在…
最后，伊莱拉感谢MO的付出与陪伴，与MO道别……
～正文结束～
讲完剧情，来谈谈我在意的一些未解谜团与伏笔：
一、被禁锢的伊莱拉为何能创造分身
第四章里狄伦有提出这个疑问：
被困在兵器中的伊莱拉，究竟是怎么在没有任何连结与漏洞的情况下，创造这些分身？
当然这可以归类为主角威能的一种啦…就像MO怎么会这么强一样。
二、伊莱拉与赛瑞斯找到的新方法
伊莱拉号称这种方法可以不必以生命为素材，极源流体本身也更安全稳定，
听起来很美好，只是随着伊莱拉遇害、赛瑞斯感染后，这件事自然就没下文了。
是个不交代也无所谓的谜团，但好好利用的话可能会让这个衰毛故事有个好一点的结局？
三、耶利米的下落
烂舰长 683T 人渣贱狗耶利米・格林贝尔 荼害生灵 至今仍然逍遥法外
身为过场漫画里戏分最多的人，堪称万恶渊薮的本作乱源，
游戏中找不到任何他前往避难后的去向，只在结局一暗示他很可能还没死。
从这件事也衍伸出更多的疑问：
狄伦整理的名单上还有其他人吗？耶利米有带他们一同避难吗？
明明游戏其他地方显示，要让地球人回家的相关研究都很不顺利，
为何耶利米离去前却说：“只差一点了…”？
四、神山号下层的其他实验生物
第一章很多培养槽里面有各种不明生物，
其中区域３吓人剧情的那个看起来有点像变异杜拉的幼体。
剧情没有交代这些生物是什么，也没交代相关的实验内容，
虽然我想也不是很重要。
五、变异杜拉的卵
第三章各处可以看到，杜拉战过后还会看到一大堆，有些卵已经孵化，
从剧情来看生出来的幼体和变异后的杜拉一样凶暴，放著不管真的没问题吗？
大丈夫だ、问题ない。
六、异常感染者
本作最大的谜团，三个藏身在隐密之处，外表看似正常人类的神祕客，
与一般被紫色植物寄生的感染者大不相同，游戏还为他们做了三个成就。
异常感染者断头时，不会死去，而是变化成异形复活，
MO没有办法对这种异形造成伤害，反而他们能够一击就杀死MO。
MO被他们杀害后，会用与平常不同的方式回到存盘点，
而当MO被他们杀害、或是触发变身后直接逃跑的情况下，
前往他们藏身处的入口会自动封闭。
从读取的记忆里，提到“神”赐给他们神的脊髓液，他们对神有着极为狂热的信仰，
为了让神苏醒愿意奉献一切；似乎知道极源流体的由来，并且鄙视对此一无所知的人类。
我个人以现有剧情想出的一种假说：
这三个家伙和几个名字为TX-编号的感染者一样，是极源实验受测体，
但他们成功存活下来并变成强大的新生物，
因为注射到他们身上的极源流体来源是伊莱拉，所以他们把伊莱拉当成“神”，
所谓让神苏醒就是要再次启动终结兵器。
如果只是这样的话，真是有够无聊，而且会有很多不合理的矛盾，
例如怎么没有其他人提到他们、
这三十年中他们干嘛不自己试着去启动终结兵器…等等。
总之希望会有更令人眼睛一亮的真相。
※ 经网友 糯米糕 提醒游戏中第二只杜拉的下落，重新修正相关内容