微调课纲为何被指控为黑箱？为何又会遭到如此多教师/教授的抗议？
1)课纲委员及主席身分完全不公开
“十二年国教领纲研修计画总计画第七次联席会议纪录”
会议主持人及工作人员名字均以○○取代，出席及列席人员更以“略”带过
纪录如图：http://i.imgur.com/sJonETV.jpg
http://i.imgur.com/K0VPmyL.jpg
http://i.imgur.com/U0VW9RD.jpg
（图片来源：郑丽君脸书http://ppt.cc/J-bT ）
教育部长表示：
1、基于保护未来课纲审议委员权益，会继续上诉。
2、依照过程惯例，委员名单会在课纲实施时公开，但过程不公开。
但过往95、98课纲委员都完全没有保密的问题。
2)历史科负责人是中华两岸和平发展联合会执行委员孙若怡
3)教育部长表示“逐字计算仅调整23%”
用总字数来说明调动幅度没有很大，真的是相当令人费解的行为
4)法定课审会分组会议审查过程中，“黑箱投票”
委员记名写“投票单”没有当场开票，是事后由主席自行宣布通过。
在郑立委质询教育部长的影片中可以看到：
https://www.youtube.com/watch?v=sUSBdAM9zDU
（重点：
1. 审判长问(在纸上写)“尊重会议多数决”，是否会被记录同意四科微调？
教育部律师答：是。
2. 审判长问：是否没明确表达反对，都会被记入同意四科微调？
教育部律师答：是。
3. 审判长问(在纸上写)“公民那些部分应该调整”，是否会记入同意国文科微调？
教育部律师答：是。
而会议结束后没有当场开票，而是事后“会再统计整理，先这样吧…”）
教育部把废票当成同意票开出，统计出多数分组课审会委员同意微调的结果。
5)关于课纲微调过后的历史课本
之前有人说新闻里面只报了公民课本，
台大历史博士班学生吴俊莹做了几个版本的微调分析，
如果有兴趣请继续点击连结
三民版新台湾史教科书：http://goo.gl/kUXkBu
微调后的康熹版：http://goo.gl/YGUGF0