1-3的大纲可以看#1C7slWmo这篇
透过西格玛芯片的力量复活的依克斯(iX)找到了洛克人X的强化胶囊，
利用极限的力量把胶囊跟自己融合 变成G依克斯(Grow iX 这次的闪卡2号)
G依克斯再利用跟极限融合的胶囊复活了过去的敌人
依克斯军团四人众：酸性海马R、水晶蜗牛R、冰冻水牛R、螺旋犀牛R(卡片未登场)
依克斯军团两大干部(Confuse a Stoner)：Himmel(闪卡5号)和Berg(闪卡6号)
Himmel(挪威语“天空”)：暴风铁鹰、冰冻企鹅、音速鸵鸟的融合体
Berg(挪威语“山脉”)：烈火朱鹿、闪光巨虎的融合体
两人可以再进一步合体成巨大的骑乘机器人
依克斯军团袭击了正在测试新型骑乘机械“瞪羚号改(Gazelle改)”的洛克人X与杰洛
瞪羚号改是把Megamission1代中被卡提斯破坏掉的瞪羚号改良的机型
洛克人X与杰洛各有一台专用机，可以在机车(闪卡3号)跟机器人(闪卡4号)两个型态变型
洛克人X与杰洛的武器对依克斯军团没有效果
但两人靠着无间的合作操作瞪羚号改全灭了依克斯军团
这时G依克斯身上的胶囊暴走，G依克斯被母体极限反噬
为了要打倒G依克斯，洛克人X从Himmel身上取得了身体跟手部配件、从Berg取得足部配件
变成了新的装甲 Grow Up Armor (闪卡1号)
G依克斯同时也反制了母体极限 再一次强化成为D依克斯(Doppler iX 卡片未登场)
由于知道自己力量还不足以打倒洛克人X，D依克斯试图用自爆打败洛克人X和杰洛
→战斗的结局究竟会如何呢?