分辨的方式就是看腹甲的盾甲如下图，棕靴靠近前肢左右二侧的三角形盾甲不会连在一起，而黑靴则是会连在一起。如果要看彩色版照片可以点这里。
http://i.imgur.com/M9srTg1.jpg
成体的部分，黑靴会比棕靴大只。
棕靴 背甲长 50cm ，体重20kg
黑靴 背甲长60cm，体重37kg
关于颜色的部分，有资料是说用颜色区分这二个亚种是不可靠的(主要是看腹甲)，但也有说法是黑靴颜色可能会比较深。
抱怨一下，会有很多人会以靴脚陆龟是中国上古神兽玄武当作卖点，这说法有很大的问题，因为玄武指的是在北方，可是靴脚陆龟栖地在中国南方阿，甚至不在中国的境内。
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参考资料
Differentiating the two Subspecies of the Burmese Mountain Tortoise (Manouria emys emys and Manouria emys phayrei) - Chris Tabaka, DVM
https://goo.gl/jvC7DH
Asian tortoise (Manouria emys)
https://goo.gl/LSMtsT
Manouria emys (SCHLEGEL & MÜLLER, 1844)
https://goo.gl/872F6t
推广社团
桃园龟龟爬虫饲养交流
https://goo.gl/xh8KPK