[问题] heatmap固定颜色区间

楼主: BENNY49 (班尼49)   2016-03-24 02:55:12
[问题类型]:
程式咨询(我想用R 做某件事情,但是我不知道要怎么用R 写出来)
[软件熟悉度]:
请把以下不需要的部份删除
入门(写过其他程式,只是对语法不熟悉)
[问题叙述]:
我有两个矩阵想做heapmap,是用pheatmap来做,想把其中的默认颜色区间复制
给另一个矩阵使用,也就是希望两个矩阵值-0.3到0.3有一样的颜色,不因极值不同
而颜色跑掉,目前两个图用相同颜色区间我能做了,想问的是pheatmap的默认
颜色区间写法
想要的颜色:

自己做的不满意:

感谢版友先进不吝赐教 谢谢!
[程式范例]:
以下是自己的写法 求改进
library(pheatmap)
bk <- c(seq(-0.4, -0.005, length=99), 0, seq(0.005, 0.4, length=100))
col1 <- colorRampPalette(c("blue", 'white'))(99)
col2 <- "white"
col3 <- colorRampPalette(c("white", "red"))(101)
colors <- c(col1, col2, col3)
pheatmap(matrix(sample(seq(-0.4,0.4,0.01),1e2,replace = T),nrow=10,ncol=10),
color=colors,
breaks=bk,
scale="none",
cluster_rows=F,
cluster_cols=F)
[关键字]:
heatmap, color interval
作者: cywhale (cywhale)   2016-03-24 09:43:00
就多塞一些color code 不要直接写 white, blue in color1比如col1 <- colorRampPalette(c("#E6550D","#FEED30",,'#FFFFE0'),alpha=0.8)(99) .. color3 blue 也改掉如 (c("white", "#4292C6"),alpha=0.8).. 看起来像一些
楼主: BENNY49 (班尼49)   2016-03-24 15:59:00
感谢 好很多了^^

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