※ 引述《memphis (让你喜欢这世界~)》之铭言：
: 手上有条蛋白质序列, 每个点都会突变, 遇到K, 切下来, 列出所有可能, 举例如下
: A B1 C1 K E F1
: B2 C2 D F2
: #### result ####
: A B1 C1 K
: A B2 C1 K
: A B1 C2 K
: A B2 C2 K
: A B1 C1 D F1
: A B2 C1 D F1
: A B1 C2 D F1
: A B2 C2 D F1
: .... F2
: ....
: #### 问题来了 ####
: 如果一直遇不到 K, 突变点一多(爬到连续20点, 2000万种组合, 写出档案大小达到2.xG)
: 一个CPU算到没完
: 想把他平行化, 我已把function改成可以 一点叫一次
: EX
: call: function(start=1, tmp_prefix="")
: out : A
: call: function(start=2, tmp_prefix="A")
: out : AB1 AB2
: call: function(start=3, tmp_prefix=c("AB1", "AB2"))
: out : AB1C1 AB2C1 AB1C2 AB2C2
: 由以上可见, 如果n点后来个1000万的out, 就要卡住了
: 所以我想100万就拆开, 让不同的CPU去算
: 1.请问大家知不知道一些比较方便的package 可以让我开cpu, 指定哪个cpu算那些input
: 2.parallel 那种 cl=socket(n), apply 好像不能让我指定, 应该是行不通
: 3.RMPI又太凶狠了...太久没有写...连环境都还没有设定好
: 4.抱歉没有sample code 可以跑, 所以大家如果有什么概念用sudo code 我就很感激了
花了一点时间写成Rcpp
我认为这样的做法快又有效。
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