大概看了一下，其实和 Python 关系不大，主要是 Linux 的问题
目前分成两个问题
1. 使用者权限
2. GNU/Linux 系统套件 vs. Python 社群套件
一般使用者能动的就家目录 /home/$(whoami) 和 /tmp 等少数目录
/usr 不是一般使用者能动的目录
要动 /usr 就要用 sudo 提升使用者权限
但不太建议直接用非系统套件写入 /usr
比较好的方法是用 pyenv 在家目录建一个自己的 Python
玩烂了直接砍掉，不会动到系统档案
GNU/Linux 发行版会把 Python 或其他语言的套件再包一次
所以就会出现 juypter-notebook 这类 DEB 套件
但这些发行版包的版本会略旧，而且有些冷门的套件不会包
还是比较建议用 pip、pip3 之类的软件去装
所以最好的方法还是用 pyenv 装 Python
然后就可以放心地用 pip (或 pip3) 装 Python 套件
[Update]
修正笔误：plenv for Perl, pyenv for Python